對于二程的哲學，程顥自稱：“吾學雖有所受，天理二字卻是自家體貼出來”【《河南程氏外書》卷十二，《二程集》，中華書局，1981年，424頁。】。將“天理”認作為本體并以“理”之本體論取代以往流行的宇宙本源-宇宙生成論，是二程始創的。“理”是一個絕對精神實體。它是世界萬物存在的根源，亦是獨立于世界萬物而存在的觀念。程顥說：“理”不因具體人物為政的好壞而存在或滅亡，它沒有好惡的意志，它既獨立于萬物的存在，又不能存亡加減。從這個意義上說，它是唯一的存在。因此說，“萬物皆只是一個天理”【同上書，30頁。】。由于“理”是獨一無二，故完全自足，而無絲毫欠缺，“萬物之理皆至足”【《人物篇》，《河南程氏粹言》卷二，《二程集》，1267頁。】。“理”不生不滅，不增不減，永恒存在，為其哲學邏輯結構的最高范疇。
如果反觀《起信論》的“真如心”， “離言說相，離名字相，離心緣相，畢竟平等，無有變易，不可破壞，唯是一心，故名真如”【《大乘起信論》，《大正藏》卷三二，576a。】，“真如心”與“理”都同樣具有實體的意義。在二程哲學中，程顥強調以主體與客體的合一，以一于“心”為歸宿，這與“真如心”更為相似。他說：“天地本一物，地亦天也。只是人為天地心，是心之動，則分了天為上，地為下，兼三才而兩之，故六也。”【《河南程氏遺書》卷二下，《二程集》，54頁。】天地為一物，人為天地之心，把“物”溶于“心”，由于心的能動，而分天、地、人三才；萬物有理，入“理”于“心”。這樣，以“我心”為基礎，統一“理”、“天”、“地”、萬物，把認識客體溶于“我心”，便傾向于主觀唯心主義。這個“我心”就是“心”與“法性”的統一，也就是“真如心”。在程頤的哲學中，與《起信論》甚有關系的便是“理一分殊”。程頤和楊時討論《西銘》時正式提出“理一分殊”四字【《伊川先生文集五》，《二程集》，609頁。】，后來“理一分殊”成為理學重要范疇。程頤認為，“理一”和“分殊”是體用本末關系，理只有一個，天下無二理，但其用其末則有許多。他說：
譬如鏡燈之類，包含萬象，無有窮盡。此理如何？曰：只是釋氏要周遮，一言以蔽之，不過曰：萬理歸于一理也。又問：未知所以破佗處，曰：亦未得道他不是【《河南程氏遺書》卷十八，《二程集》，195頁。】。
萬物雖有差別，但皆從此理來，理只有一個，是萬物的根源。
“理一分殊”的思想明顯來自華嚴宗的“理事無礙”、“一多相攝”學說，后來朱熹所用“月印萬川”的比喻都是來自華嚴宗【葛兆光先生認為“理一分殊”的道理其實并不是宋儒的發明，甚至也不是佛教的專利，它本是古代中國哲人心中皆有、人人口中卻無的一種理念。見《七世紀至十九世紀中國的知識、思想與信仰》，《中國思想史》第2卷，復旦大學出版社，2000年，299頁。】。而華嚴宗的理事圓融觀是依《起信論》而立義，“心真如門”即是理法界，“心生滅門”即是事法界。所以，“理一分殊”的模式與“一心二門”都十分相似。
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