念佛禪在東晉名僧慧遠那里得到了進一步的倡導。東晉時，漢代傳入的禪有進一步的展開，一代名僧道安和慧遠都在這方面作出了重要貢獻。
慧遠是道安的弟子，在佛學上主要發揮道安的般若本無說，但他與道安一樣，對禪修的重要性有充分的認識。道安曾明確指出，佛教的戒定慧為一有機的整體。「斯三者，至道之由戶，泥洹之關要也。戒者，斷三惡之干將也；禪者，絕分散之利器也；慧者，齊藥病之妙醫也。」其中尤以定慧之關系更為密切，如慧遠所說：「禪非智無以窮其寂，智非禪無以深其照，則禪智之要，照寂之謂，其相濟也。」但魏晉以前，中土神仙方術盛行，小乘安般禪由于其倡導的禪定修習，許多方法與當時社會上流傳的吐納養氣等道家方術相似，因而得到了更多的流行，而大乘佛教義學與禪學卻不發達。到魏晉時，隨著佛教的進一步發展，人們對禪與智的關系日益有所了解，不僅義學之士迫切地希望能系統了解禪，而且禪的發展本身也對「慧」有了進一步的需求。這樣，禪智雙運便成為時代的要求，大乘般若學借助于玄學而得到了繁興，東漢末年即已傳入的大乘禪法也重新得以興盛。
把大乘義學與禪觀結合起來理解的重要佛學家，首推釋道安，他以自己所理解的般若學來會通禪數之學，使自己成為漢代傳入的大乘般若學和小乘禪數之學兩大系思想的集大成者。他的弟子慧遠則循著其「宅心本無」、「崇本動末」的思路，進一步提出了反本求宗的思想。慧遠認為，要達到理想的解脫境界，離不開禪與智，所以說：「三業之興，以禪智為宗」。他要求以「反本求宗」、神游法性為目標來指導禪觀，并通過「洗心靜亂」、無思無為來使般若智慧「深其照」，認為禪智雙運；達到一種「心不待慮，智無所緣」、「不滅相而寂，不修定而閑」的自然任運的狀態。
慧遠承漢魏以來的傳統，也是從止觀兩方面去理解禪定的。他在《念佛三昧詩集序》中說：「夫稱三昧者何？專思寂想之謂也。思專則志一不分，想寂則氣虛神朗。氣虛則智恬其照，神朗則無幽不徹。斯二者，是自然之玄符，會一而致用也。」但他與其師道安不同，他所傾心的是大乘念佛禪。在他看來，「諸三昧，其名甚眾，功高易進，念佛為先」。當他聞知鳩摩羅什在長安傳大乘禪法時，曾致書通好，并問及《般舟三昧經》中的「念佛三昧」，討論了「禪定」中所見之佛的真假問題。慧遠的念佛屬于觀想念佛，這與后世凈土宗提倡的稱名念佛有所不同，但由于慧遠在倡導念佛的同時，還曾與劉遺民等人在阿彌陀佛像前共同發愿期生西方凈土，因此，他仍然被凈土宗尊為初祖。值得注意的是，慧遠傾心于念佛禪并不僅僅是為了期生西方，而是重在「洗心」、「御心」以達到「冥懷至極，智落宇宙」，這與他「反本求宗」的般若思想是一致的。在慧遠看來，心無常規，其變多方，因此，要通過禪觀，「齊彼我以宅心」，宅心才能御心，御心才能反本求宗以統本，這就是慧遠禪智觀的基本思路，它對禪宗思想的形成所起的作用是值得重視的。
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