藕益大師的佛學思想是多面性的，豐富無比。包羅了禪學、天臺教理、律宗教法但又歸綜于凈土，同時又融合了一些儒家的學說。他的禪學是由聽講《楞嚴經》和《成唯識論》后而起。修禪學主要是為了參究佛學教理。大師對天臺教理也有深入研究，且綽有成績。但他甚為不滿天臺宗的門戶之爭，而聲明自家:“究心臺部不肯為臺家子孫”。同時，大師痛心宗門之沒落，決意弘律以救時弊。曾三次遍閱律藏，致力于對律部的注釋和講解。并身體力行注重實踐。然而響應者稀，人師對此甚為傷心。
藕益大師的思想許多方面受儒家思想的影響。自言:“身為釋子，喜研孔顏心法示人”。但他并非將釋儒合一而談，只是在弘宣教法當中善巧方便利用而巳。大師的禪、教、律學，最終都指歸凈土，從這些方面看來，大體上是繼承了蓮池大師的凈土思想。而大師自身凈土思想體系的形成，是經歷了二十二歲喪父時，聞《地藏經》發心持名念佛以報父恩，此時為單純持名念佛。而后二十八歲母亡時，閉關修行以禪趨凈，認為“禪者欲生西萬，不必改為念佛。但具信愿，參禪即凈土行”。此時卻又側重于理持。其后生涯弘宗演教，廣釋經論，但以“生弘律范，死歸安養”為人生目標。而其凈土思想的成熟是在他寫作《彌陀要解》時期。
在凈土宗的所有經典中，藕益大師所推崇的是《佛說阿彌陀經》，他用了很大功夫去注釋，成書名為《彌陀要解》。該書以天臺五重玄義分解經義:解說此經以能說所說之人為名，大乘實相為體，信愿持名為宗，往生凈土得不退轉為力用，大乘菩薩藏無問自說為教相。以凈土念佛法門是總持一切佛注的妙法，而以《佛說阿彌陀經》為凈土經教之重心。因為書中是以信愿行三者總攝一經之宗趣，所以大師特別注重與提倡此凈土三資糧。結合天臺教觀的理論，融會禪宗思想一同歸于凈土教理，大力弘傳凈土宗，使得蓮風大振，凈宗重興。
藕益大師的思想在理論上是融會性相，在修行實踐中是和合禪、凈與律學，主張三者統一。在《靈峰宗論》第二之三中他說道：“禪者佛心，教者佛語，律者佛行...，不于心外別覓禪教律，又豈于禪教律外別覓自心，如此則終日參禪、看教、學律，皆與大事大心正法眼藏相應于一念間”。將三者歸于一念，而以念佛之法總攝佛陀一代時教，可以說是藕益大師佛學思想的總體大觀。自大師后，諸多天臺大家于講教時，大多依照他的注釋，也就逐步形成了綜合教觀與律學而歸于凈土的 “靈峰派”，直至今日影響不減。
藕益大師著述之豐碩，在諸凈土宗師中無人能及。經其門人成時法師編次，分為兩類，一為宗論：即《靈峰宗論》共十卷；二為釋論：含有釋經論與宗經論及其它注疏論著等六十多種一百六十四卷。其中主要有《彌陀要解》、《唯識心要》、《毗記事義集要》、《閱藏知津》。《法海觀瀾》、《梵網合注》、《大佛頂首楞嚴經玄義文句》、《相宗八要直解》、《四書藕益解》以及《圓覺經疏》、《維摩經疏》、《大乘起信論疏》等等。此外藕益大師還甄選了一些凈宗名家與學者的著作合成《凈土十要》一書，為后世凈業學者必讀之經典佳作。而后人于大師著作集中有關論述凈土的論著而成《藕益大師凈土集》，有心探研大師凈土思想者可從中窺其全貌。
藕益大師的一生學修并重，博學多才，融通諸宗，可謂是學有成且修有得。而其后來專志力弘凈土法門，則更顯示他對整體佛教的博通。他在 “自像贊”中如是表述道：“不參禪，不學教，彌陀一句真心要；不談玄，不說妙，數珠一串真風調；由他譏，由他笑，念不沉兮亦不掉。晝夜稱名誓弗忘，專待慈尊光里召。懸知蓮萼己標名，請君同上慈悲舟告”。由此可見，藕益大師晚年是杜絕外緣，全心全意地專修專弘凈土念佛法門，以求“死歸安養”了。綜上所述我們可以得知大師的佛學理論與修行本跡確實可為凈土行者的典范。他的言行身教在凈宗史冊上留下光輝的一頁，其功績將永遠為凈宗學人乃至佛教他宗行者所緬懷。
印光大師贊曰：
宗乘教義兩融通，所悟與佛無異同。
惑業未斷猶坯器，經雨則化棄前功。
由此力修念佛行，決欲現生出樊籠。
苦口切勸學道者，生西方可繼大雄。
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