中國佛教音樂從古代流傳至當代，形成了以南北二流為主要標志的不同流派。主要區別有：
　　一、不論唱誦音樂還是器樂音樂，都有地區流派中獨有的曲目與曲調，這一部分曲目和曲調主要是“焰口”、“水陸”之類的“應赴音樂”；
　　二、有一部曲調雖然南北同出一個藍本，但唱法、腔調、演唱風格及曲調的繁簡，各不相同，南派唱腔大都依字行腔，不加襯字，聲律明顯；北派則常在行腔中加助腔的襯字，如哎、呀、咳、哼、啊等，稱為“啊口”。在南派中又分兩個腔派，一個是以常州天寧寺為代表的禪宗的“禪腔”派，一個是以南京寶華山為代表的律宗的“律腔”派。腔派之別在于演唱同一首曲調應用不同唱法。“禪腔”的演唱，要求氣起“丹田”，發音沉著洪亮，拖腔圓滿，聲腔進行中，曲調的音律明顯，雖有高低回轉，但不以人為行腔處理輕重頓挫；“律腔”時氣出胸腔，發音高亢嘹亮，句逗頓挫明顯。
　　三、樂器編制，北派為管樂，樂器以笙、管、笛三大件為主，其余為打擊樂器，有云鑼、鼓、鐺、木魚、鐃、鈸，稱為“吹打”；南派除具有上述“吹打”的全部樂器外還有琵琶、三弦、胡琴等弦樂器，稱為“管弦”，又謂之“絲竹”。當代以前，器樂演奏在全國各地寺院較為普遍，進入當代以來，特別是“文革”掃蕩宗教，很多寺院的經典及樂器近于土崩瓦解。“文革”后，宗教活動陸續恢復，各地寺院的佛事活動大都只是聲樂唱誦，樂器演奏是極少的。
　　大約從清初直到當代，江南寺院擅長以梵唄為主的唱誦音樂，常州天寧寺又有江南唱誦音樂之最，成為江南和全國唱誦音樂之標本。西南地區稱其為“下江調”，豫陜及北方各地稱其為“南派唱腔”，各地寺院往往學習、受傳于南派唱腔，以為準繩。
　　據河南洛陽白馬寺和嵩山少林寺的僧眾記憶，他們的贊唄、祝延之類的曲調，在本世紀四十年代之前演唱“北派”腔，后來又演唱“南派”腔，五十年代初期又改唱“北派”腔，至八十年代初復改“南派”腔。但是從南北兩派唱腔的曲譜來看，二者的曲調出自一個藍本，而“北派”腔中的其他曲調，特別是“應赴音樂”的曲調與“南派”則不相同。1955年成都音協分會編輯出版的《寺院音樂》中收錄了亞欣1947年搜集整理的山西五臺山的寺院唱誦曲調和器樂曲，及成都音協分會1954年搜集整理的四川峨眉山的寺院唱誦曲調，其中的贊唄、祝延的唱詞與曲調與“南派”相比也是出自一個藍本，但已經有了程度不同的流變，其他曲目的唱詞雖相同而曲調則不相同。因此，所謂南北派，在近、現代來說有兩種含義，一種是同一個曲調的兩種不同的演唱風格和韻味，一種是互不相干的兩種曲調。當代全國大多數寺院包括贊偈、祝延在內的“課誦”、“普佛”、“懺法”等唱誦曲調基本上趨向統一，是由于“文革”中前所未有的禁絕宗教活動達十年左右所造成的新的局面。有的寺院也逐慚恢復了器樂演奏，以五臺山寺院的鼓吹最著名。
　　從佛教音樂的總體結構而言，人們常把當代流行的“課誦”、“焰口”、“水陸”三種常行的儀軌佛事稱為“課誦音樂”、“焰口音樂”和“水陸音樂”。在這三種音樂佛事中，有一部分曲目是共同使用的。