釋迦在靈山會上，對著百萬人天，默然不說一句話，只自輕輕地手拈一枝花，普遍地向大眾環示一轉，大家都不了解他的寓意，只有大弟子摩訶（意譯為大）迦葉，會心的展顏一笑，於是釋迦便當眾宣布：“吾有正法眼藏，涅盤妙心，實相無相，微妙法門，不立文字，教外別傳，付囑摩訶迎葉。”這便是禪宗的開始，後來由迦葉尊者為印度禪宗的第一代祖師，阿難為第二代祖師，歷代相傳，到了第二十八代菩提達摩大師，正當中國南北朝時代印度佛教衰微，大師謂東土震旦（中國），有大乘氣象，所以便渡海東來.
菩提達摩于六朝齊、梁間從印度渡海東來，梁普通（520-526）前后到洛陽弘揚禪法。因其禪法不為當時佛教界所重，乃入少林寺安心壁觀，以“二入四行”禪法教導弟子慧可、道育等。慧可從達摩6年，達摩授以《楞伽經》4卷。后隱居于舒州皖公山（今安徽潛山東北），傳法于僧璨。僧璨受法后又隱于舒州司空山（今安徽太湖北），蕭然***，不出文記，秘不傳法。唯有道信侍璨9年，得其衣法。后至吉州（治所在今江西吉安）傳法，嘗勸道俗依《文殊說般若經》一行三昧，可見其除依《楞伽經》外，還以《般若經》為依據。后住湖北黃梅雙峰山（一名破頭山）30多年，主張“坐禪守一”，并傳法于弘忍。其另一弟子法融在金陵（今江蘇南京）牛頭山傳牛頭禪。
弘忍得法后即至雙峰山東馮茂山（一作馮墓山）另建道場，名東山寺，時稱其禪學為“東山法門”。其“蕭然***，不出文記，口說玄理，默授與人”的作風，開中國佛教特有的禪風，對后來禪宗發展影響甚大。著名弟子有神秀、慧能、惠安、智詵等。相傳弘忍為選嗣法弟子，命大家各作一偈，時神秀作偈：“身是菩提樹，心如明鏡臺；時時勤拂拭，勿使惹塵埃。”弘忍認為“未見本性”。慧能也作一偈：“菩提本無樹，明鏡亦非臺；本來無一物，何處惹塵埃。”弘忍認可，并秘密傳以衣法，為第六代祖。慧能得法以后南歸，隱居15年，繼至曹溪寶林寺。后應請在韶州大梵寺說摩訶般若波羅蜜法，并傳授無相戒。嗣法弟子有行思、懷讓、神會、玄覺、慧忠、法海等40余人。法海集其言行為《六祖壇經》，是為南宗。神秀于弘忍寂后至荊州當陽山玉泉寺弘禪，20余年中門人云集，是為北宗。神會先后在南陽、洛陽大弘禪法，南宗遂成禪宗正統，慧能宗風獨尊于天下。神秀北宗則門庭寂寞，傳不數代即衰亡。
該宗所依經典，先是《楞伽經》，后為《金剛經》，《六祖壇經》是其代表作。
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