各部派對于佛教的基本義理，如四圣諦、八正道、十二緣起、涅槃等，都采取完全信奉的一致態度，但各派也都有自己奉持的經典，因此造成差異。這些差異其實只是某些教義論證上的枝末細節不同。從現存的漢譯資料來看，《異部宗輪論》及其異譯《部執異論》，或《十八部論》、《異部宗輪論述記》等所述，他們爭論的問題深具哲學反省的意義。各部派中保存下來的資料最完整的是說一切有部，如《六足論》、《發智論》、《大毘婆沙論》與《俱舍論》等，這些著作不僅闡述說一切有部的基本主張，更廣泛涉及其他部派的觀點。根據這些資料，可歸納出各部派爭論的基本問題：
有無、真假的問題 如前所述，部派佛教的學說，大體上分別以大眾部和上座部為兩大主流而分裂發展。這兩大主流在理論上的差別，主要宗旨不外乎“空有之爭”，大眾部主張“空”，所以近乎大乘，上座部主張“有”，偏重于深奧的理論研究，于法義做精微的分析。如說一切有部主張“三世實有，法體恒有”，認為一切世間法、出世間法都有實體，有一種真實的客觀存在，因此對一切諸法廣為分別，對一切法做“五位七十五法”的歸納分類，深深影響了后來的法相唯識宗。另外，如犢子部則不僅主張世間法實有，而且進一步認為我法亦有。
大眾部系的一說部主張世間法、出世間法都是假名，全無實體；說出世部認為世間法是假名，而出世間法全是真實；說假部則認為世間法與出世間法各有一部份是假名。以上這些關于有無、真假的問題，是就各部派的相對立場而分判的，不像后來大乘論典中各派的主張那樣明確。
佛陀觀的問題 上座部大致延續原始佛教的看法，認為佛陀是由世間修行而解脫成佛的，他的生身與世人一樣有苦樂感情。所以，佛陀被視為歷史真實存在的教主，是人天導師，是人格圓滿的覺悟者。大眾部則認為佛陀并無生滅變化，是威力無邊，超越時空的偉大圣者。佛陀能夠示現種種法身，印證“十方三世”有無量無數的佛。后來的大乘佛教直接繼承大眾部這種佛陀觀，奠定了成佛理論的基礎。
心性及解脫問題 上座部認為心有染有凈，染心不能解脫。大眾部則主張“心性本凈”，人心本來清凈，只因后天各種煩惱貪著染污，成為凡夫，所以藉由修行去除染心，必能得到解脫。此說成為大乘佛教“佛性論”的理論基礎。
輪回轉世的問題 各部派主張，在三世六道輪回的主體就是心識。他們爭論兩個問題，一是“補特伽羅”的有無，一是“中有”的有無。“補特伽羅”就是指輪回轉生的主體，這個問題在上座部系統各部派間被廣泛討論著。其中，犢子部和正量部認為有一個補特伽羅存在；經量部認為人體內有個叫做“一味蘊”的命根，后來被唯識學派吸收發展為“阿賴耶識”；說一切有部則主張有一個“世俗補特伽羅”或“假我”存在。
關于“中有”的有無，說一切有部認為在欲界、色界都存在“中有”，它是生死輪回的中間環節。他們并且認為“中有”的形狀像個五、六歲的孩童，但微細難見，能透過一切障礙物，少經七日，多經四十九日，就能投胎下一生，并且根據前世的善惡業來決定投生的處所。但大眾部系統則否認“中有”的存在，認為并沒有今生來世之間的神識。
部派林立的時期，諸派自守宗風，各有千秋，卻共同認定自家所傳承的一系才是正統的、純正的佛教。因此在部派思想發展過程中，百家爭鳴，有如百花齊放般的燦爛輝煌。
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