《起信論》顯示大乘正義，提出一心二門理論：

　　顯示正義者，依一心有二種門。云何為二？一者，心真如門，二者，心生滅門；是二種門，皆各總攝一切法。此義云何？以是二門不相離故【《大乘起信論》，《大正藏》卷三二，576a。】。

　　《起信論》所提示的“心”是超越的真常心，此真常心是一切法的依止。由于生死流轉及清凈無漏的一切法都是依止于如來藏自性清凈心，所以由如來藏自性清凈心開出二門：一、生滅門，指生死流轉的現象，有生有滅，剎那變化；二、真如門，即開出清凈法界門。

　　所謂“心真如”，就是“心性”的“不生不滅”。從不生不滅義來說，就是真如義；從諸法理性說，一切法平等，超越言說、文字、心緣的境界，這是與唯識、中觀的說法相一致的；但是，《起信論》把不生不滅的真如“法性”說成眾生的“心性”，這是與唯識、中觀不同的地方。所以，“真如”不再僅是一切法的法性理體，而且是蘊含著無邊潛能的心性動力。所以，一切法的差別相、境界相、名字相、言說相、心緣相等等，都是由妄念而生起。妄念不是真心自己，是后天的、經驗的、心理學的，由妄念而生的差別相本質上即是虛妄不實的。因為真如心是心與法性的不離統一，所以具有二義：

　　此真如者，依言說分別，有二種義。云何為二？一者、如實空，以能究竟顯實故；二者、如實不空，以有自體具足無漏性功德故【《大乘起信論》，《大正藏》卷三二，576a。】。

　　《起信論》將真如理解為“空”與“不空”，是依《勝鬘經》的“空如來藏”和“不空如來藏”而來。“真如心”從真如法性方面說，是“如實空”，即空妄念而顯一心之實；從“心”方面來說，是“如實不空”，指眾生真如心中本具真常無漏功德的清凈法。

　　《起信論》是徹底的唯心論，依眾生心建立生死流轉與解脫還滅，一切以心為本。在心真如門中，舉真心為根本；心生滅門中，舉生滅心--阿梨耶識為根本，展開現實人生萬象。所以說：“心生滅者，依如來藏故有生滅心，所謂不生不滅與生滅和合，非一非異，名阿梨耶識。”【同上書，576b。】

　　這里的生滅心不但是從剎那生滅而說，而且是從緣起的流轉與還滅而說。所以，心生滅為本的生滅門中，含攝有清凈與雜染，隨染與隨凈的兩面。我們的真心其自性本來清凈的（不生不滅），為什么又有染污法（生滅）呢？這完全是因為無明的插入，即所謂的“無明風動”。無明是無根的，亦沒有一實體，它只是我們于忽然一念不覺時所呈現出來的一種昏覺相。所以，生滅心念不離真心，即是憑依真心而起，但其直接起因卻是無明。真心只是其憑依因，并非其生起因。心念憑依真心而起，即示不但凈法統于心，即一切染法亦統于一心。只是染法是“間接地統”，凈法是“直接地統”，所謂稱性功德也。稱性即相應心性而起之功德。“間接地統”只是憑依義，雖不離，而實不相應【牟宗三：《心體與性體》（上冊），500～501頁。】。所以，稱為“不生不滅與生滅和合，非一非異”。

　　《起信論》對于心生滅門之種種相狀所進行的“實存的現象學分析”，決不能視如日常心理活動事實的一種純客觀性觀察與記述，而是有意喚起眾生的心性，使其能從生死流轉的非本然性狀態（不覺）實存地自我覺醒（始覺）之后，復歸本然心源（本覺）的一種誘導或啟蒙工作。在這過程中，起著貫穿與統一作用的是阿梨耶識，所以阿梨耶識便具有“覺”與“不覺”二義。這是從阿梨耶識所憑依之心真如體而言覺，從由于無明而起生滅心念而說不覺。所以，《起信論》說：“依本覺故而有不覺，依不覺故說有始覺”【《大乘起信論》，《大正藏》卷三二，576b。】。始覺是說明從生死到成佛、從迷到悟而說的次第。本覺與始覺，相依相待而有；依于當下顯得本覺的不覺（說到不覺，即意味著覺性的本在），到轉去不覺而顯現真覺，即名此覺為始覺。始覺在本質的意義上同于本覺，只差有圓滿不圓滿、究竟不究竟而已。及其究極圓滿，完全離念，直至心源，洞悟“生”之無生，那便是本覺全體朗現，即心真如體全體朗現。所以，《起信論》“一心二門”思維模式的展開，首先從本體論上確立“一心”為大乘法體，“一心”有二個屬性--心真如和心生滅，兩者不相舍離，統一中有矛盾，而矛盾中又有統一。真如心一方面顯示了“如實空”的特點，從本以來不與染法相應，另一方面顯示了自性具足無邊清凈功德，二者表現了超越真心之肯定，而且是本有、真實、呈現。生滅心是不離真如而現，所以含攝有“本覺性”--開展清凈解脫的根據，和“不覺性”--開展雜染生死一切事象的本源。因此，理體與事相，理想與現實，雜染與清凈都統一于“一心”中。

　　“一心二門”的思維模式表現出了“不二”與“二”的“吊詭”--“不二而二，又同又異”。“一心”正因原本不二，開出“二門”，即心真如門與心生滅門；依究竟不二的如來平等法身而有“本覺”之名，依此隨即產生覺與不覺之分；心真如原本不二，依此而有離言真如與依言真如之分；依言真如原亦假名，但又許有如實空與如實不空之分；即使心生滅門也是如此，分別凈法熏習與染法熏習，如此說明染凈相資的現象。正因為這種“不二而二”的思維模式，所以覺與不覺的同異二相究竟平等不二，所以現實界所呈現的種種差別，都是本然實存心源的表現，后來天臺的“一色一香，無非中道”、華嚴的“事事無礙”、禪宗的“砍柴搬水，無非妙道”都與這種“一即一切，一切即一”的宗旨相契合。

　　這種創造性的思維模式在中國哲學中具有重要意義，不但深深影響了后來的中國佛教，而且經過儒佛道三家的沖突與融合，通過禪宗與華嚴宗的傳載，在本體論、心性論方面對宋代理學產生了深刻的影響。