慧遠繼承其師道安的遺志，熱忱弘法，有感於南地佛典未備，特遣弟子法凈、法領等西出流沙，遠求眾經。聞有西僧來華，便殷勤咨訪。太元十六年（三九一年），　賓沙門僧伽提婆南游到了潯陽，他就迎之入山，請譯「阿毗曇心」、「三法度」兩論，并為兩論作序，標舉宗旨，推重提倡，遂開南地毗曇學的端緒。安帝隆安五年（四○一年），龜　沙門鳩摩羅什到了長安，他即遣人致書通候，後常向羅什尋問經典和大乘深義。羅什亦贊許他的好意，往返酬答，互相切磋。原在廬山親近他的道生、慧觀等，都受了他的影響，相繼北行入關向羅什問道。晉室重臣桓玄，威振一時，過潯訪晤，欽佩慧遠之為人，致書請他罷道從政，他答辭堅決，不為所動。桓玄後下令甄別眾僧，加以裁汰，獨尊「廬山為道德所居」，視為例外。又欲令沙門一律對王者盡敬，先寫信給慧遠，徵求意見。他懇切作答，提出異議，同時撰「沙門不敬王者論」五篇。桓玄終於感悟，沒有堅持執行。

　　這次爭議，在中土僧史上留下了極深遠的影響。當時名僧多聚居廬山，各地清信之士，亦多望風來集。彭城劉遺民、豫章雷次宗、雁門周續之、新蔡畢穎之、南陽宗炳等，都來廬山從慧遠游止。元興元年（四○二年），他率眾於精舍無量壽佛前建齋立誓，期生凈土，結白蓮社，一時參加的達一百二十三人。義熙元年（四○五年），鳩摩羅什在長安譯「大智度論」一百卷告成，姚興特遣送論書，請他作序。他以此論文繁義隱，不易研習，乃加以刪節，約為二十卷，并為序文，以便初學。先是　賓律師弗若多羅在長安譯出「十誦律」，沒有譯完而去世。慧遠聽說有曇摩流支來華，亦精於律藏，就致書勸請補譯，由是「十誦律」得有完備的譯本。他又一再遣使到長安，迎中印禪師覺賢到廬山，勸請傳出禪經。及知覺賢在長安因誤會被擯，他就寫信給姚興和長安僧眾，為之調解，使所傳之學繼續在南地弘播，不受影響。由是中觀、戒律、禪、教諸典以及關中勝義，都仗慧遠的熱心而流播南地。

　　慧遠隱居廬山，歷三十馀年，影不出山，跡不入市，平時經行、送客常以虎溪為界。義熙十二年（四一六年）卒於東林寺，年八十有三。潯陽太守阮侃，在廬山西嶺營壙安葬，門下著名文士謝靈運為撰文立碑。廬山東林寺就因為曾經是慧遠率眾行道之所，遂成為中國著名的佛教凈土宗發源地之一。

　　慧遠從道安受學，長於般若。他在荊州時曾據師義破斥道恒所執「心無」之說。既定居廬山，感慨南地佛典未備，多方訪求，所涉頗廣。僧伽提婆在廬山譯講毗曇，極推重「三法度論」，慧遠於此書亦很有領會。自是，他的思想常出入於空有之間，在他的「沙門不敬王者論」、「明報應論」諸篇上，都可略見其宗旨。他對於佛家視為宗極的涅盤，理解作「生絕神冥，形盡神存」的境界，其所謂「神」，即是精極為靈，不能定其體狀、窮其幽致，因此也不可能以語言來表達。又說人生由化而有，形和神雖各殊，而相與為化則渾為一體；然形只是桎梏，而神卻有暗中轉移的妙用，可以從這一形體相佚傳附於另一形體，有如火之可由此薪傳於異薪一般。火薪相傳這個比喻在當時原為常談，而他開始用傳於異形來解釋，具有自此傳於彼的意義。這和犢子部執勝義我為不可說法，雖執受五蘊而又有解脫可能之義很相近，顯然是受了僧伽提婆譯講「三法度論」的影響。

　　他說到入道之要，則主張依悟徹以求反本。所謂反本，意指不以情累其生，不以生累其神。而欲遣除塵累，必有待於運用禪觀，究生化之源，永息流轉，使神靈絕境，這就是所謂悟徹。他在廬山昏曉行道，致力禪觀，祈向凈土，都可視為他基於這一思想的實踐。後來，他接觸到羅什的譯籍，又迎請覺賢傳出禪經，研習中觀，兼究寂照相濟的說法，很得歸宗無相之旨。但他晚年談到法性無性和禪智究竟時，仍舉火傳不息，以及形累、神化等說，可見他的根本思想還是保留著，沒有完全改變。

　　慧遠初事道安，即以建立教法宏綱為己任，以後他更推廣此意，欲根據教法移風易俗。他以為出家的人號為沙門，在於能破習俗的愚暗教導有情轉向覺道。因而主張出家修行，即和處俗一切以世法為準則的有所不同，應高尚其事，不敬王侯，才能變俗以達其道。而化導世俗，在先示以罪福報應，使知去惡從善，期易於啟發覺意。他自己隱居廬山率眾行道，以身作則，在當時確已獲得相當的影響。特別是他所主張的，以罪福報應導俗和以禪觀念佛入真的見解，對於後世的影響尤其深遠。像他所倡行的念佛法門，原是用觀想功夫，到了曇鸞以後就側重稱名，形成凈土一宗。導俗入真，固不能逸出於慧遠的遺規，所以後人仍追奉他為凈土宗的初祖。

　　慧遠的著述見於著錄的，有「大智度論要略」二十卷，「問大乘中深義十八科」并「羅什答」三卷，「法性論」兩卷，「集」十卷。現僅存「問大乘深義」，改名「大乘大義章」，其馀都已散失。惟「出三藏記集」、「弘明集」、「高僧傳」和「廣弘明集」都收載有他的一部分論、序、贊、書。

　　慧遠的門下頗多，以隨他一同出家的慧持，及弟子慧觀、僧濟、道祖、曇邕、僧徹最為著名。慧持系慧遠之弟，十八歲隨慧遠共事道安，後同居廬山。曾到建康，參校「中阿含經」譯文。隆安三年（三九九年）入蜀為成都道俗所推重。義熙八年（四一二年）卒於成都龍淵寺，年七十有六，遺囑誡勉務嚴律儀。他的近侍弟子道泓和曇蘭，都能傳經繼軌。慧觀本姓崔，清河人，少年出家，游方參學，中年以後到廬山從慧遠受業。羅什入關，他又北游諮訪異同，辦勘新舊，精思入微，撰「法華宗要序」，深得羅什稱許。後隨覺賢同到廬山，又一同到荊州，轉赴建康住道場寺。他精通「十誦」，廣習諸部。著有「辨宗論」、「論頓悟漸悟義」、「十喻序贊」及諸經序等，卒年七十有一。僧濟，通大小諸經及世典，長於講說，太元中入廬山受學，特蒙慧遠賞識。後以感疾，專志凈土，卒年四十有五。道祖，吳國人，少就臺寺依支法濟出家，精勤務學。後與僧遷、道流等共入廬山受戒，慧遠稱其易悟。道流撰「諸經目」，未就而卒，他為之完成。曾至建康瓦官寺講說。憤桓玄欲使沙門禮敬王者，還歸吳地臺寺。桓玄欽重其為人，令郡官送他來京，他托病拒絕。元帝元熙元年（四一九年）卒於臺寺，年七十有二。曇邕本姓楊，關中人，少仕苻秦為衛將軍，曾隨軍南征，後回長安從道安出家。道安逝世，即南游師事慧遠。不避辛勞，為慧遠入關致書羅什，往返傳達，十馀年間不負使命，廬山和長安在當時能聲氣相通，全賴他出力，後卒於荊州竹林寺。僧徹本姓王，寓居襄陽，年十六入廬山受業，遍學眾經，尤精般若，講「小品」詞旨明晰，為同學所推服。他兼長賦（口永），落筆成章，慧遠以散亂之言皆屬違法，遂不復作。後南游荊州，歷住江陵五層寺、琵琶寺，一時名流多從受戒法。劉宋元嘉二十九年（四五二年）卒，年七十。

　　此外，曇順，黃龍人，少曾從羅什受業，後師事慧遠，長於義學。南蠻校尉劉遵在江陵建竹林寺，物色住持，慧遠特命他前往。其弟子襄陽僧慧傳其學，善講「涅盤」、「法華」、「十住」、「凈名」、「雜心」諸典，齊初任荊州僧主，和當時名僧玄暢，并稱黑衣二杰。法安，以戒行著，兼習禪業，善講說眾經。慧要，通經律，尤長巧思。以廬山缺乏刻漏報時，他就山泉創制十二葉芙蓉，順著泉水流轉以定晝夜六時，未嘗差失；傳說他嘗作木鳶，能飛行數百步。道汪本姓潘，長樂人，綜習經律，尤精「涅盤」，後被迎住武擔寺為僧主。道溫本姓皇甫氏，安定朝那人。初師事慧遠，後北游長安問學於鳩摩羅什，善大乘經，兼通數論。劉宋孝建間（西元四五四～四五六年）被召住宋都中興寺，大明年間（西元四五七～四六四年）任宋都僧主。曇詵，長於義學，著有「維摩注」及「窮通論」等。