慧遠幼年即喜讀詩書，頗有文才。東晉穆帝永和二年（346），他十三歲時，隨舅父令狐氏游學許昌、洛陽，熟讀了《詩經》、《尚書》、《周易》、《禮記》、《春秋》等儒家典籍，尤精通《老子》和《莊子》。據南朝劉義慶（403-444年）所著《世說新語·文字篇》記述：慧遠四十歲時，曾致書殷仲堪云：“《易》以感為體”，用一個“感”字，提示了《周易》所講的宇宙萬物互相聯系的哲理，頗具辨證法思想。

　　東晉之世，內憂外患頻仍，社會極度動亂。永和十年（354），慧遠欲渡江東，跟隨豫章（今江西省南昌市）名儒范宣子隱居學經，但當時中原大亂，南路阻塞，未能成行。稍后，他又與其弟慧持（337-412年）前往太行恒山，皈依一代宗師道安（312-385年）。道安是我國佛教史上最早的熱心傳教者，同時又是我國僧伽制度的創立者。道安之前，中國僧人出家后，多隨師姓，道安認為師莫如佛，僧人應一律以“釋”為姓，并率先以身作則，此后全國風從，以迄于今。慧遠對道安極為推崇，他聽道安講《般若經》后，思想上發生了很大的變化，認為：“儒道九流，皆糠粃耳！”從此他便以弘揚佛法為己任，“焚膏油以繼晷，恒兀兀以盡年”，勤誦精思，研習不輟。竟至貧旅無資，粗衣常敝。道友曇翼，知其不凡，常予資助。

　　慧遠對道安宣揚的大乘般若學，理解甚深，并善于用老莊思想來解釋般若學。升平二年（358），他甫滿二十四歲，便開始登座講經。一日，他說法時，有聽眾與之辯難，“往復移時，彌增疑昧”，他乃引《莊子》為譬喻，使對方疑解心服，受到道安的稱贊。道安反對“格義”（指用儒道俗書比擬佛教義理），認為“先舊格義，于理多違”，卻特許慧遠可以用佛教經典以外的雜書來比附說明佛學理論。道安常常感嘆：“使道流東國，其在遠乎！”（佛法在中土，將因慧遠而得到更好的弘傳！）。

　　作為道安弟子中的執牛耳者，慧遠于興寧三年（365），為避兵燹，與其師及師兄弟五百余人南下襄陽，立檀溪寺，鑄造佛像，一住八年。寧康元年（373），苻堅圍攻襄陽，道安為梁州刺史朱序（？-393年）所拘，不能得出，乃分散徒眾，或西上巴蜀，或東下江南，大弘正法。慧遠離師到了荊州（今湖北江陵），住上明寺。后欲往羅浮山（在今廣東博多、增城二縣境內），太元六年（384），他途經潯陽（今江西九江），見其南面的廬山北臨揚子江，南瀕鄱陽湖，山水秀麗，幽雅清靜，不禁心生眷戀，乃變更初衷，駐錫于此，大弘蓮宗。從此影不出山，跡不入市，平時經行、送客常以虎溪為界，直至老死，首尾達三十五年之久。也就是說，他的一生，有近一半的歲月是在廬山度過的。廬山，可說是他的第二故鄉。

　　這時，慧遠已經四十七歲了，名馳南北，普遍受到敬重，是東晉后期公認的佛教領袖，他也廣泛結交名士高僧、朝廷大臣以至皇帝。慧遠南下是迫于政治形勢，但到廬山卻多少帶有偶然的成份。先是，他與師兄慧永說好，一起去羅浮山修行，慧永先行一步，慧遠隨后趕來。豈知，慧永到了廬山就不走了。太和二年（367），江州刺史陶范為慧永在廬山西北麓的香爐峰下建造西林寺，供其駐錫，慧永在這里一直住到八十二歲時（414年）死去。慧遠初到廬山時，在西林寺旁筑了間“龍泉精舍”居住，兩人都不再提去羅浮山的打算了。廬山，已經深深吸引了他們。

　　由于西林寺比較狹小，龍泉精舍也很簡陋，不利于講經弘法。太元十一年（386），慧永乃請江州刺史桓伊在西林寺東為慧遠建了座東林寺，“仍石壘基，即松栽構，清泉環階，白云滿室”，名寺名僧，相得益彰。慧遠還在東林寺造了座佛影臺，“背山臨流，營筑龕室；妙算畫工，淡彩圖寫；色凝積空，望似煙霧；暉相炳暖，若隱而顯。”慧遠還作了篇《萬佛影銘》，文辭優美，音韻鏗鏘，句式工整，對利用佛像來闡發佛理作了淋漓盡致的發揮，全文如下：

　　　　“廓矣大像，理玄無名，體神入化，落影離形。
　　　　回暉層巖，凝映虛亭。在陰不昧，處暗逾明。
　　　　婉步蟬蛻，朝宗百靈。應不同方，跡絕杳冥。

　　　　茫茫荒宇，靡勸靡獎。淡虛寫容，拂空傳像。
　　　　相具體微，沖姿自朗。白毫吐曜，昏夜中爽。
　　　　感徹乃應，扣誠發響。留音停岫，津悟冥賞。
　　　　撫之有會，功弗由曩。

　　　　施踵忘敬，罔慮罔識。三光掩映，萬像一色。
　　　　庭宇幽藹，歸途莫測。悟之以靖，開之以力。
　　　　慧風雖遐，維塵攸息。匪圣玄覽，孰扇其極？

　　　　希音遠流，乃眷東顧。欣風慕道，仰規玄度。
　　　　妙盡毫端，遠微輕秦。托彩虛凝，殆映霄霧。
　　　　跡以像真，理深其趨。奇興開衿，祥風引路。
　　　　清氣回軒，昏交未曙。仿佛神容，依稀欽遇。

　　　　銘之圖之，曷營曷求。神之聽之，鑒爾所修。
　　　　庶茲塵軌，映彼玄流。漱情靈沼，飲和至柔。
　　　　照虛應簡，智落乃周。深懷冥托，宥想神游。
　　　　畢命一對，長謝百憂。”
　　慧遠還與慧永、劉遺民、周續之（此二人原是玄學家）、雷次宗（386-448年）、宗炳（375-443年）、畢穎之、張野、張詮等學者居士一百二十三人于東林寺阿彌陀佛像前，“建齋立誓，共期西方”。這一故事，唐中葉后演化為十八高賢結白蓮社的傳說。慧遠大力提倡凈土法門，后世尊其為蓮宗始祖，尊東林寺為凈土宗祖庭。當時名僧多聚居廬山，四方清信之士，亦多望風來集。

　　東晉重臣桓玄（369-404年），安帝時（397-401年）為江州刺史，都督江州、荊州等八州軍事，威震一時。他與慧遠有過交往，深慕其為人，曾致書勸其罷道從政，為慧遠所謝絕。元興元年（402），桓玄自長江上游的江陵起兵，攻入建康（今江蘇南京）。元興三年（404），桓玄廢晉安帝，自立為皇帝，國號楚。他取得政權后，下令甄別僧侶，加以裁汰，獨尊“廬山為道德所居，不在搜簡之例”。導致廬山成了當時南方唯一的佛教圣地。

　　桓玄又欲令沙門一律對王者跪拜敬禮，先寫信給慧遠，征求意見。慧遠堅決反對，除回信提出異議外，又撰寫了《沙門不敬王者論》五篇——“一曰《在家》，謂在家奉法，則是順化之民。情未變俗，跡同方內，故有天屬（指有血緣關系的直系親屬，如父子、兄弟、姐妹等）之愛，奉主之禮。禮敬有本，遂因之以成教。二曰《出家》，謂出家者，能遁世以求其志，變俗以達其道。變俗則服章不得與世典同禮，遁世則宜高尚其跡。夫然者，故能拯溺俗于沉流，拔玄根（玄妙之根性）于重劫。遠通三乘之津，近開人天之路。如今一夫全德，則道洽六親，澤流天下，雖不處王侯之位，固已協契皇極（帝王統治的準則），在宥生民矣（對天下百姓實行無為而治，使其自然發展）。是故內乖天屬之重，而不違其孝；外闕奉主之恭，而不失其敬也。三曰《求宗不順化》，謂返本求宗者，不以生累其神；超落塵封者，不以情累其生。不以情累其生，則生可滅；不以生累其神，則神可冥。冥神絕境，故謂之泥洹（涅槃）。故沙門雖抗禮萬乘，高尚其事，不爵王侯，而沾其惠者也。四曰《體極不兼應》，謂如來之與周孔，發致雖殊，潛相影響；出處咸異，終期必同。故雖曰道殊，所歸一也。不兼應者，物不能兼受也。五曰《形盡神不滅》，謂神識馳鶩，隨行東西也。”（引自梁·慧皎撰《高僧傳·慧遠傳》）

　　桓玄讀了慧遠的復信及《沙門不敬王者論》后，終于感悟，放棄了自己的主張。這場論戰，在中國佛教史上留下了深遠的影響。而我們也可以從中看出慧遠辯駁技巧之高。

　　慧遠的著作很多，據《高僧傳·慧遠傳》所載，計十卷，五十余篇，今多散失。現存主要著作有《沙門不敬王者論》、《明報應論》、《三報論》、《與隱士劉遺民等書》等。這幾篇重要論文，主要收集在梁·僧祐（445-518年）所編輯的《弘明集》以及唐·道宣（596-667年）所編輯之《廣弘明集》中。

　　慧遠從道安受學，長于般若，其思想屬于般若學的本無派。早在荊州時，他就根據師義破斥道恒所執之“心無”說。道安運用三國時代魏國玄學家王弼（226-249年）的“貴無說”來宣揚般若學，說：“無在元化之先，空為眾形之始，故謂本無。”（見《名僧傳·曇濟傳》。實際上，《船若經》的根本原理就是“空”）所以被稱為“本無派”。慧遠繼承和發揮了道安的佛學思想，提出了法性不變論，又著重發揮了“三世報應”和“靈魂不滅”的理論。

　　慧遠說：“至極以不變為性，得性以體極為宗。”（見《高僧傳·慧遠傳》）至極，指最后的宗極，這里指擺脫生死輪回的涅槃境界，又稱為佛性。體極，指體認、證悟法性而進入涅槃境界。這句話的意思是：佛性（至極）是不變的，永恒的，要得到這種涅槃境界（得性），必須超出世俗的見解和脫離世俗的生活去體認佛性，以它為根本。

　　當時，《大般涅槃經》尚未譯出（曇無讖譯出《大般涅槃經》是在慧遠圓寂五年后的421年），“涅槃常住”的教義還沒有傳入我國。被譽為中國佛經翻譯事業的兩大巨匠之一的鳩摩羅什（344-413年）讀罷慧遠宣揚“至極以不變為性，得性以體極為宗”的《法性論》后，贊嘆道：“邊國人未有經，便暗與理合，豈不妙哉！”慧遠對于佛教視為宗極的涅槃，理解為“生絕神冥，形盡神存”的境界。所謂“神”，即是精極為靈，不能定其形狀，窮其幽致，因此也不可能用語言來表達。

　　慧遠在《三報論》和《明報應論》中，發揮了佛教“因果報應”的人生觀點。他認為，眾生所遭受的一切不幸的惡果，都是起因于無明和貪愛。即是說，每個人遭遇的惡果，都是自作自受，沒有什么外在的主宰者。他把因果報應分成現報（現世受報）、生報（來生受報，比如說，現在的善人受了惡報，現在的惡人受了善報；是因為現在的善人前生是惡人，現在的惡人前生是善人）、后報（二生、三生以至百生、千生才受到報應）。一世為一輪回，所以又稱為三世輪回。要擺脫三世輪回，惟有皈依佛教，去掉無明和貪愛，進入離苦得樂的涅槃世界。慧遠以罪福報應導俗和以禪觀念佛入真的見解，對后世的影響十分深遠。
　　在形神觀上，慧遠主張“靈魂不滅”論。他認為靈魂能推動萬物的變化，萬物可以消滅，而靈魂卻不會消滅。他在《沙門不敬王者論》中說：“神也者，圓應無生，妙盡無名，感物而動，假數而行。感物而非物，故物化而不滅；假數而非數，故數盡而不窮。”這就是說，靈魂是無生的，妙盡無名的；但它能感應一切生物，使之發生變化。當人的肉體死亡后，靈魂仍然存在。既然靈魂不滅，那么，它是如何從前生的肉體轉移到后生的肉體中去的呢？慧遠認為，就象火傳薪一樣，“火之傳于薪，猶神之傳于形；火之傳異薪，猶神之傳異形。”人生由化而有，形和神雖各殊，而相與為化則渾為一體；然形不過是軀殼，而神卻有暗中轉移的作用。猶如薪不斷燒化，成為灰燼，而火則從此薪傳到彼薪一樣。

　　把形神關系比作燭火之喻，原是東漢初期的著名學者桓譚（前23-50年）最先發明的。他用燭火之喻來說明形亡神滅的觀點：“精神居形體，猶火之燃燭也；燭無，火亦不能獨行于虛空。”但他的論點，在理論上不夠完善。慧遠同樣用薪火之喻來論證形亡神不滅的命題，在理論上卻是無懈可擊的，恰好彌補了桓譚在邏輯推理方面的缺陷。這和犢子部執勝義我為不可說法，雖執受五蘊而又有解脫可能之義很相近，顯然是受了僧伽提婆在廬山譯講《三法度論》的影響。

　　晉代佛教，尤其是東晉佛教，已經擺脫了漢魏佛教那種對黃老道術和神仙方術的依附，開始走上了具有中國特色的發展道路。這個時期所翻譯的佛經的數量，較前大增。佛教的大乘、小乘、空宗、有宗等各個不同體系的經典，幾乎都在此時相繼譯出。這就為佛教進行理論上的研究，提供了較為充分的文獻資料，同時也給中國傳統文化帶來了新的因素。慧遠不通梵文，不能從事翻譯工作，但他對當時的翻經大德十分敬重。隆安五年（401），鳩摩羅什到了長安（今陜西西安），慧遠即派遣弟子曇邕向他致書問候。此后十余年間，又經常用書信方式向鳩摩羅什請教經典和大乘教義，對鳩摩羅什的譯經事業，作了很高的評價。義熙七年（411），我國最早的《華嚴經》翻譯者佛馱跋陀羅（359-429年，意譯“覺賢”）與徒眾慧觀等四十余人由長安南下到了廬山，受到慧遠的熱情接待，并請他譯出了修禪的專著——《修行方便禪經》二卷。當慧遠了解到佛馱跋陀羅是由于誤會被驅逐出長安后，就寫信給后秦皇帝姚興（366-416年）和長安僧眾，為之解釋并要求取消了判他為犯戒的處分，使所傳之學繼續在南方弘播，不受影響。由是中觀、戒律、禪、教諸典及關中勝義，都仗慧遠的熱心護持而流傳南方。

　　慧遠是使佛教中國化的一個重要人物，在歷史上有很大影響。他強調因果報應，追求以此世緣結來世果，著眼于來世的幸福，而這來世不過是此世的延續，其精神是入世的。這是他對宣揚出世精神的佛教理論的發展。他的這套理論，不僅成為中國佛教的重要內容，在民俗信仰中也影響深遠。

　　慧遠富有文學才能，是比較自覺地提倡以文學形式宣傳佛教的人。在《與隱士劉遺民等書》中，他說：“若染翰綴文，可托興于此。雖言生于不足，然非言無以暢一詣之感。因驥之喻，亦何必遠寄古人？”在《念佛三昧詩集·序》中，他指出其所選的念佛“篇翰”，非徒“文詠”，“鑒明則內照交映而萬象生焉，非耳目之所及而聞見行焉，于是睹夫淵凝虛境之體，則悟靈相湛一，清明自然”。把文章與悟解合一，在文論上是個新見解。其所作《廬山記》七百余言，是一篇描寫山水的優秀散文，也是我國最早描繪廬山風光的作品之一。他還寫有《廬山東林雜詩》。

　　“崇巖吐清氣，幽岫棲神跡。希聲奏群籟，響出山溜滴。有客獨冥游，渾然忘所適。揮手撫云門，靈關安足群。流心叩玄扃，感至理弗隔。孰是騰九霄，不奮沖天翮。妙同趣自均，一悟超三益。”（見《先秦漢魏晉南北朝詩·晉詩》卷二十）

　　不過，史學界有人認為，《廬山記》和《廬山東林雜詩》不象是慧遠的作品，而是道教徒的偽作，因有明顯的道教徒口氣。
　　慧遠對于佛教事業，認真實干。《世說新語·規箴篇》說他“雖走，講論不輟“。其弟子有不求上進的，慧遠便啟發他們，說：我是桑榆晚影，落日之光，照不了多遠了；你們卻應當象初升的太陽，隨時準備發出光明。他不顧年高體衰，“執經登座，諷誦朗暢，詞色甚苦”。一座弟子，無不為之感動，“肅然增敬”。

　　義熙十二年（416）八月六日（陰歷），八十三歲高齡的慧遠在東林寺圓寂，結束了他辛勤弘法的一生。據《高僧傳·慧遠傳》記載：臨寂前，“大德耆年，皆稽顙（以額觸地）請飲豉酒（用豆豉浸成的藥酒）”，慧遠因戒律不許而拒絕。又請飲米汁，他因過午不食仍拒絕。再請飲以蜜和水之漿，他乃命人查律典，看是否可飲？“卷未半而終……門徒號慟，若喪考妣；道俗奔赴，踵繼肩隨。”

　　潯陽太守阮侃，在廬山西嶺為慧遠鑿壙開冢安葬，慧遠的弟子，我國山水詩派的創始人謝靈運（385-433年）撰寫了《廬山慧遠法師誄》，并勒碑刻石。唐代大詩人孟浩然（689-740年）在其名作《晚泊潯陽望廬山》中寫道：

　　　　“掛席幾千里，名山都未逢。
　　　　 泊舟潯陽郭，始見香爐峰。
　　　　 嘗讀遠公傳，永懷塵外蹤。
　　　　 東林僧舍近，日暮但聞鐘。”

　　表達了對慧遠的深深敬慕！