隆慶五年（公元1571），入杭州云棲山，見山水幽絕，是安居修行的好地方，逐往山中結茅舍居之，常去山腳的梵村乞食以資養命。山中時有虎患，村民深受其苦，大師慈悲為作施食佛事，不久虎患使絕。時歲又逢亢旱，村民懇請大師祈雨以解災情，大師手擊木魚，率眾沿循田埂繞行念佛，一時頃，所及之處，雨下如注。村中民眾歡喜踴躍，對佛法生大誠信之心，自發地組織力量為大師建造禪院。自此之后，師于道場中大弘教法，普度群萌。四方佛子聞風而至，海眾云集，共修凈業，逐漸成為一大叢林。

　　大師主持道場以來，注重真修實行，以戒律為基本，以凈土為皈依。禪與凈土并提不重，弘宗演教常年不斷，恒以清規律制為叢林之柱石，此時南北戒壇久已被禁，為使戒法不絕，便令受戒者自備衣缽于佛前為作證明而受具戒。并著述有關律制軌范的文例，如《沙彌要略》、《具戒便蒙》、與《菩薩戒發隱》等，以便戒子研學戒法。提倡戒殺放生，于寺中開有專用的放生池和放生所，所著《戒殺放生文》風行于世。同時又將《瑜伽焰口》、《水陸儀規》、和《朝暮二時課誦》（諸經日誦）等佛門法事儀規的行文作了完善的修訂工作。這些儀規，一直相沿至今。

　　在生活上大師是簡樸清淡的，始終是麻布素衣以蔽身，一麻布幃都用了幾十年，日常行持作業都盡可能要求親力親為。著有三十二條自警以律己。待人接物應之以慈悲，外顯威儀之相而又不失溫和，為了道場與大眾不辭勞苦，平等地以大悲心行攝化一切。

　　大師一生致力于弘揚凈教，主持云棲道場四十多年來，言傳身教中接引無數佛子同歸凈土，臨終前半月預知時至，于明神宗萬歷四十三年（1615）六月底，先往城中別諸弟子及故舊等言之：“行將他往”。后歸寺中具茶湯設供話別眾僧。七月初一，上堂對眾曰“明日吾行矣！”。晚上，大師示微疾，瞑目靜坐于丈室。次日夕，諸弟子等請留遺訓，大師睜眼開示：“大眾老實念佛，莫捏怪，莫壞我規矩?！毖援呄蛭髂罘鸲?。師世壽八十有一，僧臘五十。其弟子奉全身入塔于五云山麓。自七祖省常大師生西至蓮池大師行化于世，其中間隔了五百五十余年之久。此時間內教法式微，凈宗不振，雖有融通凈教弘傳凈土之高僧大德出現以救道法之沒落，然收效匪著。證諸史冊，最有功行且最為出色者當屬蓮池大師。