十二神將
指守護誦持《藥師經》者之十二位護法神。又稱藥師十二神將、十二神王，或十二藥叉大將。為藥師如來的眷屬。藥師本愿功德經云： “此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉以為眷屬。同時舉聲白佛言：世尊，我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖，我等相率皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利、饒益安樂。” 這十二位誓愿護持藥師法門、饒益眾生的神將，名稱如次：（1）宮毗羅，（2）伐折羅，（3）迷企羅，（4）安底羅，（5）頞你羅，（6）珊底羅，（7）因達羅，（8）波夷羅，（9）摩虎羅，（10）真達羅，（11）招杜羅，（12）毗羯羅。 依中、日佛典所載，這十二神將在晝夜十二時辰、及四季十二月份里，輪流率領眷屬守護眾生。
八大菩薩
《藥師琉璃光如來本愿功德經》云：“若有四眾比丘、比丘尼、鄔波索迦、波鄔斯迦及余凈信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年或復三月受持學處，以此善根愿生西方極樂世界無量佛所，聽聞正法而未定者，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時有八菩薩乘神通來示其道路，即于彼界種種雜色眾寶華中自然化生。或有因此生于天上（中略），或為輪王統攝四洲，威德自在安立無量百千有情于十善道；或生剎帝利、婆羅門居士大家（中略），若是女人得聞世尊藥師如來名號，至心受持，于后不復更受女身。”八大菩薩分別是：文殊菩薩、觀音菩薩、大勢至菩薩、寶檀華菩薩、無盡意菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩，共八位大菩薩。
七佛藥師
《藥師七佛本愿功德經》中所說的七佛。指（1）善名稱吉祥王如來、（2）寶月智嚴光音自在王如來、（3）金色寶光妙行成就如來、（4）無憂最勝吉祥如來、（5）法海雷音如來、（6）法海勝慧游戲神通如來、（7）藥師琉璃光如來等七佛。此七佛住于東方去此四恒河沙乃至十恒河沙世界，嘗于于位各各發愿拔濟眾生的苦惱。上述七佛名，出自《藥師琉璃光七佛本愿功德經》卷上。然而在玄奘譯《藥師琉璃光如來本愿經》中，唯說東方藥師一佛，未出七佛名。對此，古來多有議論，或就經題所稱“藥師琉璃光七佛”，謂前六佛乃藥師之分身，且就《藥師本愿功德經》所云：“造彼如來形像七軀。”認為此即謂將藥師本身造為七體。或謂七佛為別尊，經題所稱的“藥師七佛”，乃言總意別云云。
七層輪燈
在密教中，修普賢延命法或藥師法時所用之四十九盞供養燈。又名七層車輪燈。燈有七層，故名。《陀羅尼集經》卷二云：“令作藥師佛像一軀，（中略）燃四十九燈，燈作七層，形如車輪，安置像前。”《藥師七佛本愿功德經》卷下：“晝夜六時，恭敬禮拜七佛如來，讀誦此經四十九遍，燃四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，其七燈狀圓若車輪，乃至四十九夜，光明不絕。” 修藥師法時所建之七層輪燈，系以《藥師消災軌》、《陀羅尼集經》卷二等為依據；此燈置于本尊與大壇之間。修普賢延命法時所建之七層燈，則根據《普賢延命陀羅尼經》所說，據古德所述，此燈或置于佛像與大壇之間，或置于大壇與護摩壇之間。
七佛藥師法
日本密教修法之一。系以七佛藥師為本尊，為息災或增益而修的秘法。其理論依據出自《藥師七佛本愿經》與《藥師本愿經》。在日本，慈覺大師曾于嘉祥三年（850）為息災而修，天歷十年良源再修此法。此為日本修七佛藥師法的濫觴。此后，日本臺密即以此為“四個秘法"之一。而東密方面，也在藥師法之外，別修七佛藥師法。關于此法之修持儀軌及相關事宜，可參閱《阿娑縛抄》、《覺禪鈔》等書。
千燈供
又稱“藥師千燈供”。修藥師法時，點千燈以莊嚴道場，以千燈供養藥師如來，此謂之“千燈供”。關于此一供養法門的布置方法，可參閱《陀羅尼集經》卷二，以及《阿娑縛抄》之“藥師”章、《覺禪鈔》中之“七佛藥師”章。
日光菩薩
梵語surya_prabha，漢譯有日光、日光遍照、日曜等名。藥師佛的左脅侍。與右脅侍月光菩薩在東方凈琉璃國土中，并為藥師佛的兩大輔佐，也是該佛國中無量菩薩眾的上首菩薩。日光菩薩與藥師佛的關系甚深。在久遠的過去世，電光如來行化世間。當時有一位梵士，養育二子。由于有感于世間之濁亂，乃發菩提心，誓愿拯救病苦眾生。當時的電光如來對之甚為贊嘆，勸梵士改名號為醫王，二子改名為日照，月照。這位蒙受電光如來咐囑的梵士，成佛之后就是藥師如來。二位子嗣也就是兩大脅侍。當時的日照，就是后來的日光菩薩。日光菩薩的名號，是取自“日放千光，遍照天下，普破冥暗”的意思。此一菩薩持其慈悲本愿，普施三昧，以照法界俗塵，摧破生死之暗冥，猶如日光之遍照世間，故取此名。日光菩薩與觀世音菩薩的大悲咒也有密切關系。持誦大悲咒者，日光菩薩當會與無量神人來為作證，并增益其效驗。凡是持誦大悲咒者，如能再持日光菩薩陀羅尼（收在《大正藏》第二十冊六六零頁），則能滅一切罪，也能辟除魔障及天災，得不可思議果報。
月光菩薩
梵語candra_prabha,漢譯有月光、月凈、月光遍照等名。東方凈琉璃世界藥師佛之右脅侍。與左脅侍日光菩薩并為藥師如來的兩大輔佐。在藥師佛的無量菩薩眷屬里，他與日光菩薩是位居上首的最重要菩薩。兩人都位居補處，秉持著藥師如來的正法寶藏。 關于月光菩薩的本生事跡，也與日光菩薩相同，都與藥師佛有密切的關系。在久遠的過去世，當電光如來住世時，有一梵士養育兩子，一名日照，一名月照。梵士發心利樂有情、拯救濁世眾生，其二子也隨喜而發愿供養。梵士成佛之后，即是藥師琉璃光如來。二子中之月照，就是月光菩薩。如同日光菩薩一樣，月光菩薩與觀世音菩薩的大悲咒也有密切的關系。凡是至心持誦大悲咒的修行者，月光菩隆也會與無量神人來增益其持咒效驗。修行者在持捅大悲咒過后，如果能再加誦月光菩薩陀羅尼（收在《大正藏》第二十冊六六零頁），則月光菩薩當會來加庇護，使持咒者除去一切障難與病痛，并成就一切善法、遠離各種怖畏。
藥師咒
有大咒、小咒之分。大咒為《藥師如來本愿經》等所說，(按：此咒由于電腦缺字太多，為免以訛傳訛，請讀者另覓印本，故略之)（namo bhagavate bhaisajyaguru-vaidurya-prabha-rajaya tathagatayarhate samyak-sambuddhaya tad yatha om bhaisajye bhaisajye bhaisajya-samudgate svaha) 小咒即《陀羅尼集經》卷二等所說的“唵，呼盧呼盧，戰馱利，摩橙祗，莎訶”。（om huru huru candali matangi svana。）
藥師法
日本密教修法之一。以藥師如來為本尊，為息災、除病、延命等目的所修的法門。其中，天臺密教則以七佛藥師為本尊，故謂為“七佛藥師法”。
藥師講
日本佛教活動之一，系宣講藥師法門的法會。主要目標在祈求信徒的病愈與延壽。法會日期在每年一月八日、四月八日、十二月八日，及一、五、九月的“緣日”（八日、十二日）等，較受重視。日本天臺宗創始人最澄（傳教大師）曾撰《藥師如來講式》，為此一法門之宣講儀軌。
藥師三尊
佛像術語，為主尊藥師如來，輔以左脅士日光菩薩及右脅士月光菩薩之合稱。其中，日光、月光二菩薩，在《灌頂經》（卷十二）中之譯名為日耀、月凈二菩薩。“藥師如來”梵名Bhaisajya-guru-vaidurya-pradharajah(藥師琉璃光王），通稱為藥師琉璃光如來，簡稱為藥師佛。能除生死之病，故名藥師；能照三有之暗，故云琉璃光。是東方凈琉璃世界的教主，率領著日光遍照與月光遍照二大菩薩等眷屬，在東方凈土化導眾生。據《藥師如來本愿功德經》所說、東方凈琉璃世界純一清凈，無諸欲染，也沒有三惡趣等苦惱之聲。地是凈琉璃所敷，城闕宮殿及諸廊宇，也都由七寶所造成。其莊嚴殊勝之處，恰好與阿彌陀佛西方凈土，相互輝映。藥師佛的弘法利生工作、系秉承成道以前所發的十二大愿而來。十二大愿中之較具體者，有“使眾生飽滿所欲而無乏少”、“使一切不具者諸根完具”、“除一切眾生眾病、令身心安樂、證得無上菩提”、“使眾生解脫惡王劫賊等橫難”等愿。這些誓愿的主旨，雖然也在促使眾生早證菩提，但另一方面，也著重為眾生求得現世的安樂。這與阿彌陀佛的偏向來生安樂者稍有不同。這也就是佛教界將藥師法會視為現生者之消災延壽法門的緣由。
藥師凈土
（凈琉璃世界）藥師凈土是指藥師佛（藥師琉璃光如來）的凈土。由于這一凈土在十恒河沙國土以外的東方，所以又稱為東方凈土。又因該處以琉璃為地，因此又稱凈琉璃世界。這是可與阿彌陀佛的西方極樂世界相互輝映的佛化國度。依《藥師如來本愿經》所說，此一佛士“一向清凈，無女人形，離諸欲惡，亦無一切惡道苦聲。琉璃為地，城闕垣墻，門窗堂閣，柱梁斗拱，周匝羅網，皆七寶成。如極樂國，凈琉璃界莊嚴如是。”這是依藥師佛因地本愿所證成的依報世界。 在藥師凈土里，除了藥師佛之外，另有日光、月光兩大上首菩薩，以及八位引導眾生進入凈土世界的大菩薩。此外，還有誓愿護持藥師法門的十二藥叉神將。他們各率七千藥叉眷屬，在各地護佑受持藥師佛名號的眾生。
藥師如來十二大愿
藥師如來在過去世行菩薩道時，所發之十二大愿（又稱十二上愿）。略如下列
（1）愿我來世得菩提時，自身光明熾然，照耀無量世界，以三十二相、八十種好莊嚴，令一切眾生如我無異。
（2）愿身如琉璃，內外清凈無瑕垢，光明過日月，令于昏暗中之人能知方所，隨意所趣，作諸事業。
（3）以智慧方便眾生，令眾生受用無盡。
（4）令行異道者，安立于菩薩道中，行二乘道者，以大乘安立之。
（5）令于我法中修行梵行者，一切皆得不缺減戒。
（6）令諸根不具之聾盲跛??白癩顛狂，乃至種種身病者，聞我名號皆得諸根具足、身分成滿。
（7）令諸患逼切無護無依，遠離一切資生醫藥者，聞我名號，眾患悉除。
（8）若女人愿舍女形者，聞我名號，得轉丈夫相，乃至究竟無上菩提。
（9）令一切眾生解脫魔網，安立于正見。
（10）令為王法系縛，無量災難煎迫者，皆得解脫一切苦惱。
（11）令饑火燒身，為求食故作諸惡業者，先得妙色香味飽身，后以法味畢竟安樂。
（12）貧無衣服者，我當施以所用衣服，乃至莊嚴具。
藥師琉璃光如來本愿功德經
（梵Bhagavanbhaisajyaguru-vaiduryaprabhasya purvapranidhana-visesa-vistara)一卷。唐玄奘譯，又稱《藥師如來本愿功德經》、《藥師經》，內容述說藥師如來之本愿及其功德。收在《大正藏》第十四冊。卷首述佛在廣嚴城樂音樹下，對曼殊室利述說藥師如來之十二大愿，并說藥師如來之凈土是在過東方十殑伽沙等佛土之凈琉璃世界，其功德莊嚴如西方極樂世界。若墮惡道者，聞此如來名號，則得生人間。又，愿生西方極樂世界而心未定者，若聞此如來之名號，則命終時將有八大菩薩乘空而來，示其道徑，使其往生彼國。其次，經文又述救脫菩薩對阿難說續命幡燈之法，謂修此法可以起死回生。且謂若遭逢人眾疾疫、他國侵逼、自界叛逆、星宿變怪、日月薄蝕、非時風雨、過時不雨等各種災難時，如能供養藥師如來，則國界得以安穩，自身可免于九種橫死云云。本經除玄奘譯本外，另有四漢譯本，即：
（1） 東晉。帛尸梨蜜多羅譯，名為《拔除過罪生死得度經》；
（2） 劉宋。慧簡譯，名為《藥師琉璃光經》；
（3） 隋。達摩笈多譯，名為《藥師如來本愿經》；
（4） 唐。義凈譯，名為《藥師琉璃光七佛本愿功德經》其中，慧簡譯本與帛尸梨蜜多羅譯本完全相同，故為諸經錄所剔除。 此外，西藏譯本有二種，一種相當于本經，另一譯相當于義凈譯本。
注釋書有窺基、靖邁、神泰、遁（道）倫、憬興等所撰之《藥師本愿經疏》各一卷，以及太賢《藥師本愿經古跡》二卷等。
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