日本的佛教，是宗派分明的佛教。在早期，佛教各宗是由中國(guó)創(chuàng)設(shè)的，傳入日本后，逐漸演變?yōu)楦髯诨旌系臓顟B(tài)，例如“禪凈雙修”、“教禪一致”、“八宗兼弘”等，信徒的信仰也以各宗兼修為常態(tài)。但在平安時(shí)期以后，日本的佛教信徒逐漸傾向?qū)＞欧钭o(hù)持一宗一派，例如念佛的人不坐禪，坐禪的人不念佛，天臺(tái)就是天臺(tái)，華嚴(yán)就是華嚴(yán)，絕不容別宗的混入，所以專持一宗的修法，是日本佛教的特質(zhì)。
宗派主義的修行法，在個(gè)人修養(yǎng)上能夠?qū)Ｒ徊换祀s，固然有其優(yōu)點(diǎn)，但從整個(gè)佛教的立場(chǎng)看，例如鎌倉、室町的佛教，可以說是宗派繽紛，百家齊鳴的時(shí)代；到了現(xiàn)代的新宗教間，常有因互不相讓的分歧見解，而引發(fā)教團(tuán)間的紛爭(zhēng)事件，這是無法避免的缺失。因此，日本在近年來有各宗聯(lián)合會(huì)或友誼會(huì)的組織，就是為彌補(bǔ)此一缺點(diǎn)而產(chǎn)生的。
除了上述的特點(diǎn)外，佛教自印度興起，經(jīng)中國(guó)、朝鮮而傳到日本，為適應(yīng)日本人的思想、文化、生活等，在彼此相互容攝之下，而產(chǎn)生一種獨(dú)特的日本佛教。總結(jié)其特色，有以下幾點(diǎn)：
日本佛教被視為保護(hù)國(guó)家的宗教，佛教徒也以護(hù)教者自居，因此佛教成為與皇室有密切關(guān)系的國(guó)家佛教。
日本為維護(hù)國(guó)家安危，特重密教的咒術(shù)祈禱，因此咒術(shù)祈禱深深融入日本民眾的生活之中，成為追求現(xiàn)世利益的良方。
日本初期佛教，僧侶并不參與死者的喪葬。到了中世，禪宗傳入以后，中國(guó)喪禮法也隨之傳入，僧侶始擔(dān)當(dāng)死者喪禮的主持人。其后，由于凈土信仰普及，因此主持喪禮遂逐漸成為僧侶的重要職務(wù)。
江戶時(shí)代的檀家制度盛行，致使佛教成為家族宗教。
日本佛教因與古來的神道思想同化、融和，而有所謂“本地垂跡”思想的產(chǎn)生。本地垂跡說，揭示神只為佛陀所化現(xiàn)，所以各種神都被指為佛菩薩的化身所變現(xiàn)；神只既是佛陀，神佛乃是一體，因此佛菩薩變化為神。這樣佛教和神道之間有著共同的領(lǐng)域范圍，而神道也列入了佛教的體系。自此以后，佛教與神道便成為日本宗教思想的一個(gè)整體。
現(xiàn)代日本的佛教，是現(xiàn)代學(xué)術(shù)化的佛教。日本每個(gè)國(guó)立大學(xué)里，幾乎都設(shè)有印度哲學(xué)科和中國(guó)哲學(xué)科，以資佛學(xué)研究，同時(shí)在各宗派中，都設(shè)有佛教大學(xué)或佛教專科學(xué)校，作為佛學(xué)的研究機(jī)關(guān)。由這些佛教教學(xué)系統(tǒng)培養(yǎng)出的佛教人才，不計(jì)其數(shù)。從早期開拓現(xiàn)代佛學(xué)，功績(jī)顯赫的原垣山、村上專精、高楠順次郎、木村泰賢、宇井伯壽、荻原云來、境野黃洋、常盤大定、椎尾辨匡、佐佐木月樵、望月信亨、齊滕唯信、渡邊旭海、羽溪了諦、小野玄妙、南條文雄、河口慧海、衛(wèi)藤即應(yīng)、友松圓諦、島地大等，還有前田慧云、鷲尾順敬、長(zhǎng)井真琴、忽滑谷快天、立花俊道、宮本正尊、林屋友次郎，乃至近代的佛學(xué)專家水野弘元、中村元、平川彰、長(zhǎng)尾雅人、結(jié)城令聞、鎌田茂雄、平井俊榮等，人才濟(jì)濟(jì)，深深影響了日本現(xiàn)代佛教的走向。
日本全國(guó)由各宗派所創(chuàng)建的佛教系大學(xué)，簡(jiǎn)介如下：
駒澤大學(xué)（東京都） 曹洞宗所創(chuàng)，具有三百多年歷史，以道元的禪學(xué)一如為校訓(xùn)，設(shè)有佛教學(xué)部、禪學(xué)科，另外也有文學(xué)、商學(xué)、法學(xué)等科，是一所綜合大學(xué)。
愛知院大學(xué)（愛知縣） 曹洞宗所創(chuàng)，明治九年設(shè)立。文學(xué)部宗教科，設(shè)有佛教學(xué)、禪學(xué)、宗教學(xué)等科。
大正大學(xué)（東京都） 大正十五年，天臺(tái)宗大學(xué)和真言宗的豐山大學(xué)、凈土宗的宗教大學(xué)合并而成，昭和十八年再加上“智山專門學(xué)校”而成三宗四派的聯(lián)合大學(xué)，佛教學(xué)科中設(shè)有梵文學(xué)、天臺(tái)學(xué)、真言學(xué)、凈土學(xué)等科。
高野山大學(xué)（和歌山縣） 古義真言宗所創(chuàng)。大正十五年，為貫徹空海的教育精神而正式成立“高野山大學(xué)”，設(shè)有密教學(xué)科、佛教學(xué)科。
大谷大學(xué)（京都市） 凈土真宗所創(chuàng)，明治三十四年設(shè)，真宗大學(xué)是他的前身，以親鸞的佛教精神為基盤。
龍谷大學(xué)（京都市） 凈土真宗所創(chuàng)，明治二十一年設(shè)
花園大學(xué)（京都市） 明治五年，臨濟(jì)宗所創(chuàng)。
佛教大學(xué)（京都市） 明治初年，凈土宗所創(chuàng)。
立正大學(xué)（京都市） 明治五年，日蓮宗所創(chuàng)。
種智大學(xué)（京都市） 明治十四年，真言宗所創(chuàng)。
同日大學(xué)（名古屋市） 大正十年凈土真宗所創(chuàng)。
其他還有四天王寺女子大學(xué)、創(chuàng)價(jià)大學(xué)、日本福祉大學(xué)等。
另外，在學(xué)術(shù)方面的研究學(xué)會(huì)有：印度學(xué)佛教學(xué)會(huì)、大谷大學(xué)宗教學(xué)會(huì)、駒澤大學(xué)宗教學(xué)研究會(huì)、駒澤大學(xué)禪學(xué)研究所、駒大佛教學(xué)會(huì)、種智院大學(xué)密教學(xué)會(huì)、禪學(xué)研究會(huì)、大正大學(xué)國(guó)際佛教研究所、大藏經(jīng)學(xué)術(shù)用語研究會(huì)、東北印度學(xué)宗教學(xué)會(huì)、南部佛教研究會(huì)、日本宗教學(xué)會(huì)、日本佛教學(xué)會(huì)、佛教經(jīng)濟(jì)研究所、佛教大學(xué)學(xué)會(huì)、佛教文學(xué)研究會(huì)、日本密教學(xué)會(huì)等，每一個(gè)學(xué)會(huì)都出有學(xué)報(bào)，半年一期或一年一期。
綜觀日本的佛教，早期在“教理”和“實(shí)踐”上，是承襲中國(guó)傳統(tǒng)。像天臺(tái)宗的“圓頓戒”，凈土真宗的“信念主義”，禪宗的“生活即佛法”，密宗的“即身成佛論”等教理，都是中國(guó)原有的。日本佛教的優(yōu)點(diǎn)，也是特色所在，是在教化方面，例如日本的佛教是國(guó)家化、社會(huì)化，從佛教初傳，日本就是以國(guó)家的立場(chǎng)來接受、創(chuàng)辦佛教事業(yè)，而且上行下效，佛教自然能深入社會(huì)各階層，不只是宗教層面的信仰，更融入人民的生活里，日本人的婚喪喜慶都和佛教有密切關(guān)系，日本的文學(xué)、劍道、茶道、繪畫等等，都深受佛教的影響。到了二十世紀(jì)，日本將佛教的理想訴諸于現(xiàn)實(shí)層，一邊參加法會(huì)祝禱，祈福消災(zāi)，一方面做學(xué)術(shù)性的文獻(xiàn)考證研究，其學(xué)術(shù)研究成果已取得國(guó)際間的重視與肯定，堪稱是當(dāng)今佛學(xué)研究的重鎮(zhèn)。但在另一方面，日本佛教至今仍保有“在家化”的特色。早先最澄主張的“真俗一貫”，空海主張的“真俗不離”，及親鸞提倡的“在家佛教”等，都可以看出日本對(duì)出家、在家的界限并不很分明；現(xiàn)在日本的僧侶大都是可以娶妻生子，這種現(xiàn)象成為日本佛教的一大特色，但也失去了佛教的原點(diǎn)。
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