一般而言，佛教儀軌由三大部分組成，即加行、正行與后行。在行中，只攝“皈依”與“發心”。然而在其意義上講，皈依是被認為由“外凡”轉入“內凡”的階段。所謂“外凡”，即外道凡夫，但不合貶意。所謂“內凡”，則是就已經皈依，發心學佛的行者而言。
藏傳佛教的皈依與漢傳佛教的皈依的明顯不同之處，就是在皈依佛、法、僧三寶之上，更置一喇嘛（上師），歸此四寶為“四皈依”。西藏人說：“無喇嘛上人，如何得近佛”可見喇嘛上師受到信仰者特別崇敬，具有很高的社會地位。西藏僧人及信徒確信上師及善知識乃理解金剛持之必備條件，不依上師引導，不知有佛；不從上師教誨傳承，則無法人佛、成佛。過去請佛皆由上師教授，而得信解行證。上師乃救度眾生之導師，而更在“三寶”之上。故皈依佛、法、增三寶，尚須皈依金剛上師。因此“四皈依”成為藏傳佛教之特色。
皈依應由一位心靈上師在正式的儀軌中授與。在本質上，皈依是尊敬和信賴佛、法、僧的一種表達。佛陀，藏語稱為“桑杰”，即凈化和圓滿；佛法，藏語“卻”，是引導開悟的道理；僧伽，藏語為“根頓”，是佛法的繼承者和弘揚者。皈依佛，是承認自己的潛能可以體驗開悟的境界。皈依法，是承認由于自己過去所依賴拙劣的方法來處理自己的困惑未得解脫，迄今仍困在期望和恐懼的循環中；皈依僧，是承認信賴上師之指導、鼓舞、開示的重要。在皈依“三寶”中，唯有佛被認定是究竟的皈依。例如病人求醫，僧伽就是醫生，藥物就是“法寶”，按照醫生的指示進行服藥治療，就是我們修行學法的過程，一旦病痊愈了，就不再需要任何藥物和醫生診斷治療。同樣的，一個人成了佛，就不再需要皈依“法”和“僧”了。
不論是在最初皈依儀軌不，或者是每天修特大禮拜來皈依的時間，在傳承中均要求行者持著一份大愿心皈依，以盡形壽直到開悟，并且要奉獻己力以助所有眾生均達到究竟開悟，這就是菩薩的悲愿。皈依時，若發心革除自己的惡習，并且產生處處為眾生著想的積極態度，那么不管行者的習氣多重，“三寶”的慈悲與智慧，將引導這悲愿而使行者達到開悟的境界。這一切的根本和基礎即是要皈依佛、法、僧“三寶”，這可以稱為“外皈依”。但從密乘的觀點來看，若行者皈依上師即為所有加持力的根本；皈依本尊為一切開悟的根本，皈依空行母為所有善行的根本。這就是所謂的“內皈依”。更深入地說，只皈依自己的根本上師棗能夠認識此根本上師是佛、法、僧的化身，并集上師、本尊與空行母于此化身，并且具足他們所有的特性棗這就是所謂“密皈依”。
藏傳佛教特有的皈依形式，以噶舉派較為典型，為六皈依，這是把皈依分為六類：三種是恭敬“三寶”。三種是恭敬三個根本。上師是加持（藏語稱為“吉拉”）的根本，是“三寶”的化身，尤其是佛陀的化身。本尊是諸佛的示現，以不同的形相具體地顯現佛性，以使行者能夠按照自己的根性去修持，而行者修持其身、口、意與本尊之身、口意契合時，便顯示本具的佛性，而行者修持其身、尊是成就（藏語稱為“俄竹”）的根本。而勇父、空行母和護法是覺悟的眾生，他們藉四種佛行實踐以去除業障而達佛道，而這四種佛行是息、增、懷、誅，因此，他們被稱為佛行（藏語稱為“廷雷”）的根本。
在皈依的六項對象中，上師十分重要。佛陀在世時，曾預言未來末法時代，佛陀將化身為上師形相，現示給需要他的指引和保護的眾生，因而，行者認上師為佛陀，便可以體驗到同沾佛陀本身的法露。因而，也就有了簡易的“四皈依”形式。第一項皈依金剛上師，表示行者深信上師是三根本的化身，因為他真實的形體與色身是上師，他的言語是空行與護法善行的表現，而他的心識是本尊的本性。如此，我們在“外皈依”于佛、法、僧，這項簡短的皈依中，也包括了皈依“三寶”及“三根本”。
上師通常是指已開悟的師父，他已經完成了廣泛的訓練，已達到心靈體悟的高層次，并且依照一套有根本、完整的傳承來傳法。藏傳佛教的上師能以大智慧、大悲心、無猶豫、無差別地對待眾生來予以認可。皈依弟子可以清清凈凈地觀察師父，看他是否具備上師的五個條件；
（1）五官莊嚴，聲音宏亮，喜怒不是偶然的，而是正常的，不為一點小事而喜怒無常。
（2）有禪定的功夫。
（3）戒律清凈。
（4）有菩提心。
（5）有真正根本的傳承。
上師收皈依弟子也有五個條件：
（1）五官端正，聲音味亮。
（2）精進。
（3）有菩提心。
（4）對師父有真正信心與供養心。
（5）能承受師父所傳授的法，是真正修行法門，不是普通的法門，知如理如法修行能即身成佛。
具備上述五個條件就是根器，師父如是觀察弟子要觀察一年多。一般人不一定明白師徒關系的本質，因此，了解什么為上師是必要的，了解弟子對師父的職責為何也是很重要的。縱使行者有與生俱來的聰慧，能接觸佛法，如若缺少上師的引導，仍然很難在修持上有所突破。這未開悟之心智若尚被無始以來累積的習氣沖動指使著，若無上師超凡的洞察力和引導，是很難克服的。上師的寬大與悲心，給行者一個機會，改變其觀察有情世界的習慣性方式。在上師的完全無私中，行者可以找到一面觀察“真我”的鏡子，如果了解這一情況，學習如何對治，那么修持就更有效益了。
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