部派佛教的系統清理，是最令人頭痛的問題，但用科學的方法來予以考察，仍可得出一個條理。根據印順法師的研究，他把部派佛教分成四派、三系、二部、一味，其表如下：
樹狀表
這是部派佛教的基礎，由根本佛教，分成上座與大眾兩部。上座部東系的一支分別取舍上座及大眾兩部的思想，立足於上座部卻頗同情并吸收大眾部的一部分進步思想，所以成為分別說系。西系的上座部由於僻處西北印的迦濕彌羅，不與東方接觸，所以發展成為獨立的有部思想；后來內部思想有了歧見，又再分裂。據大眾部所傳，后來的紅衣（錫蘭銅 ）部、法藏部、飲光部、化地部、均 屬分別說系。它們不是極端的反大眾部者，后來大眾部轉出為大乘佛教，分別說系的圣典，多少亦有這種傾向，例如法藏部（曇無德部）出現較晚，該部所屬的《四分律》，被我國的道宣律師，視為通於大乘，也有其遠因存在了。
枝末的分裂
所謂枝末分裂，即是由大眾部及上座部的再分裂、又分裂，由此，二部、三系、四部、十八部、二十部，南傳的則稱為二十四部，便陸續出現。
在北傳的資料中，說到部派分張的有：西藏所傳《跋貝耶》（Bhavya）的教團分裂詳說；漢譯的《文殊師利問經》、《舍利弗問經》、《十八部論》、《部執異論》、《異部宗輪論》；南傳的有《大史》；大眾部有清辨造的《異部宗精釋》。據木村泰賢說，關於部派分裂，并有八種不同的傳說。
其中以南傳的《大史》，漢譯有部的秦譯《十八部論》（《大正藏》四九·一七頁中－一九頁下）、陳譯《部執異論》（《大正藏》四九·二○頁上－二二頁下）、唐譯《異部宗輪論》（《大正藏》四九·一五頁上－一七頁中），和大眾部的《異部宗精釋》為重要。另有正量部所傳的亦足參考。
本書因為藏傳《文殊師利問經》及《舍利弗問經》的分派，與有部說大同，故從略，有部三論則以《異部宗輪論》（《大正藏》四九·一五頁上）為代表。茲列四表如下：
（一）南傳分別說系上座部的《大史》第五章所傳：
注：大眾上座諸派，於佛滅百至二百年間分裂；雪山部以下，則在大眾部上座部諸派以后分裂。
（二）北傳上座系有部的《異部宗輪論》所傳：
（三）大眾部系的清辨所造《異部宗精釋》所傳：
（四）正量部所傳：大眾部－－本末六部，同分別說系所傳，唯以雞胤稱牛家，并以制多山為牛家部所出。
分部的推定
從以上列表看來，可謂洋洋大觀，但是各說互有出入，究竟以何為準，論者意見也不一致。因為各派均以自家的立場并欲提高自家的出身而做部派之間的說明，所以吾人不應盡信某一家之言，亦不應盡棄某一家之言，唯有集各家之言以做審查推論，始可得到近乎可信的史實之真貌。至於如何審查推論，就要靠我們的智慧來判別了。
就大致上說，各家所傳者，多以自宗列為基礎的本部。分別說系的，自以為是上座部的本部，說一切有部的，也以自宗為「根本」部，這是主觀的說法。故對上座部分派次第，宜以大眾部所傳的較可信，因其站在客觀立場，不必加入自宗的成見。
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