上林寺位於廣東省湛江市霞山區黎湛鐵路南站的南山村，康熙乙亥年(1695年)八月南山村吳涵山居士創建，為三進四合院，頭二進供奉伽藍，後進大殿供奉三寶佛以及觀音菩薩、地藏菩薩、準提菩薩。當時寺宇前後都是天然森林，故名上林寺。吳涵山居士撰聯二副，其一為:上律天時時雨化成法雨蕈敷渤海，林依地古古云屯作慈云擁護南山”，其二為:“上方元鶴千年壽，林外蒼松萬古春”。又恭請遂溪縣慶斌法師住待此寺，以後相繼請本縣東華山僧人管理。受真、叁如、宗和、海仁法師等相繼為住持。光緒三十二年參如大師重修寺宇，將前面兩座瓦面翻新，得到鄉坤吳詳觀居士的支持，布施良田。光緒二十四年(1898年)，法軍乘艦侵占廣州灣，登陸在海頭嶺。南柳人民高舉義旗，保家衛國，由吳美觀、吳邦澤、吳大洪、吳大隆為領導人，招集南柳諸村抗法勇士，在寺僧的支持下，於上林寺前的空地舉行了幾百人的抗法歃血誓師大會，抗擊侵略者。民國十八年(1929年)，宗和上人與鄉紳吳有仁發起重修大雄寶殿，將原大殿升高二米，兩側廳加建木樓住人，重建客堂、祖堂，僧舍，均建木樓，寺后辟為花園。宗和法師的高徒云峰、妙峰諸法師對上林寺的復興做出重大貢獻。抗日戰爭期間，廣東近代高僧海仁老法師從杳港避難來廣州灣，駐錫上林寺兩年，宣講《金剛經》、《楞嚴經》等，香港大嶼山佛學院劉承澤居士亦在此教文學，青年學僧有云峰、清和、初慧、覺真、云珠、明興、云林、明心等，尼眾有法顯、如梅、慶智、智海等。抗戰勝利後，海仁法師返香港，學僧們也隨著分散到各地弘法。
在解放戰爭時期，宗和法師、云峰法師冒險機智地掩護游擊隊員脫險，當時黨總支書記林挺同志特寫了《贊上林寺愛國精神》一文現刻於寺內石碑上。
1949年後，僧眾大多走散，只有宗和、云車、云峰法師三人留住該寺。1959年云峰調往廣州六榕寺；1967年宗和、云車相繼圓寂，上林寺遂眾人管理。“文革”期間，毀佛像、燒經書，斬除花木，折除僧房，本寺前後五棵巨大榕樹亦干枯，寺宇亦搖搖欲倒。
1985年，南柳吳氏族人集資修葺了寺內前兩座瓦面。1986年，明興法師、吳車日居士等人捐資重刻全堂佛像。吳桂龍、吳嘉龍、吳車日居士多年奔走云峰、明興法師亦於1992年回湛江，與當地干部、鄉親商量重建大殿，將原三間殿堂合建為寬闊的大殿，後墻退出五米，使天井空間擴大，客堂、祖堂、僧房均修建二層。南山村同意給地，初步計劃:第一期建大殿，第二期建客堂、僧舍，第三期建祖堂、碑廊、陳列室。廣州市佛教協會和六榕寺常住共同資助人民幣二十萬元，鄭兌珠等居士亦樂施凈資，加速了工程的進行。
新建大殿1993年6月竣工，高8.6米，面積129.6平方米，鋼筋水泥結構，琉璃瓦面，造價三十多萬元，請來緬甸白玉釋迦牟尼佛像一尊，高1.6米，慈相莊嚴，熠熠生輝。云峰法師撰聯、沈定庵居士書寫:“上接龍天，法雨慈云沾廣宇;林開鷲嶺，靈光佛日照南夭。”云峰法師又賦詩一首《湛江市人民抗法舊址南山上林寺大殿落成有感》:“德范長存氣昂然，吳族英豪亦世傅。反帝衛鄉昭赤膽，為民忘我亮青天。精誠團結懷先烈，義士犧牲啟後賢。古寺重修逢盛治，神州處處譜新篇。
1993年秋，由妙峰法師弟子明圣法師負責修建工作，妙峰法師從美國寄回三萬美元修建客堂。六榕寺四眾弟子捐款三十萬元修建祖師堂。廣州、番禺、東莞一些信眾贊助十多萬元，清林大師請浙江天臺山工匠用香木重雕三尊佛像，高1.8米。
上林寺現任住持清韻法師，33歲，廣東人，1993年出家，師從明興法師，兼任廣東省湛江市佛教協會理事。
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