明清時期，五臺山佛教發展到了它的鼎盛時代，其突出表現為喇嘛教的興盛和清朝皇帝頻頻朝禮五臺山。
　　
　　明太祖朱元璋早年出身僧侶，對佛教自然格外尊崇，對名僧大德恩禮尤加，并建立了一整套僧官機構。他改善世院為僧錄司，設左右善世、左右闡教、左右講經、左右覺義等僧官。這些僧官的品秩都很高。成祖、憲宗、孝宗、武宗、神宗等都嚴守祖訓，也十分尊崇佛教。為了籠絡蒙藏少數民族，又十分推崇喇嘛教。明成祖永樂四年（1406），朱棣派人到西藏迎請噶舉派名僧哈立麻喇嘛（本名卻貝桑波）到京。次年，封為“萬行具足千方最勝圓覺妙智慧善普應佑國演教如來大寶法王西天大善自在佛”，簡稱大寶法王。哈立麻以“性喜林泉，朝廷之下，恐妨禪業”奏辭。于是，明成祖“乃賜鑾輿旌幢傘蓋之儀，遣使衛送于五臺山大顯通寺。”同時，又大興土木，“命太監楊升重修寺宇，并葺育王所置佛舍利塔（ 即現在的五臺山大白塔），以飾法王之居。” 卒后，明成祖又敕命為哈立麻在顯通寺法堂塑像奉祀，是為五臺山有喇嘛教之始。在明代，五臺山的僧官稱“欽依提督五臺山兼管番漢僧寺”，可見當時五臺山佛寺已有“番僧寺”和“漢增寺”之分了。這樣，以佛教圣地著稱的五臺山，在明代又發展成為兼有漢地佛教和藏傳佛教（即喇嘛教）的名山了。這為五臺山佛教在清代的鼎盛奠定了基礎。

        有明一代，五臺山佛教在皇家的思護下，日益隆盛。憨山德清的例子便可說明之。憨山德清，（1546—1623），俗姓蔡，諱德清，字澄印，全椒（今屬安徽）人，十九歲時，在金陵棲霞山出家。二十八歲，“春正月，往游五臺，先求《清涼傳》，按跡游之。至北臺，見有憨山，事甚佳，因問其山何在，僧指之，喜奇秀，默取為號。”從此，便居五臺山鉆研《華嚴經》近十年。萬歷十年（1582），他在五臺山顯通寺講論《華嚴經》，“百日之內，常住上牌一千眾”。可見五臺山僧侶之眾多。當皇太后“遣官于五臺”祈求皇儲時，德清恰好正準備在顯通寺舉辦“無遮法會”；他抓住這個難得的機會，遂“將所營道場事宜，一切盡歸并于求儲一事。”第二年，果然皇子降生。從此，德清倍受皇家恩寵，藉此為五臺山佛教界取得了諸如優免田賦等許多特權。熹宗天啟三年（1623），卒，年七十八，著述有：《華嚴法界境》一卷，《楞嚴通義》十卷、《法華通義》七卷、《觀楞側記》四卷、《肇論略注》三卷。憨山德清與云棲株宏、紫柏真可、藕益智旭并稱為“明代四高僧”。明萬歷時，據鎮澄編修的《清涼志》記載，五臺山“臺內佛剎、凡六十四所。臺外佛剎，凡三十六所”。寺院林立，頗為繁盛。
　　
　　清朝建立后，特別尊崇佛教，尤其重視利用喇嘛教來維護對蒙古和西藏的統治。鑒于蒙古和西藏盛行喇嘛教，并十分崇仰文殊菩薩的道場五臺山，所以，清朝政府便將五臺山開放，供其朝禮。從此，蒙藏兩族，朝山者絡繹不絕。
　　
　    清朝的開國皇帝順治帝，非常信佛，甚至還想出家為僧。康熙，雍正、乾隆和嘉慶四帝都曾多次朝拜五臺山。他們朝禮五臺山不是為了游山玩水，因為游覽五臺山的最好季節是盛夏六、七月間，而清帝朝山的時間卻在冰封雪飄的農歷二、三月間。清朝皇帝朝禮五臺山，一是滿洲與文殊的詞音相諧，因而對文殊菩薩和五臺山懷有特殊感情，“澹謁（文殊）金容實為國朝萬年丕基之慶。”二是為了“攜蒙古藩王同來，從其所欲”，以“示中外一家之心，昭熙朝大同之治”，達到“以黃教綏柔蒙古”的目的。

        清圣祖玄燁曾于康熙二十二年二月和九月，三十七年三月、四十一年二月、四十九年二月，五度朝禮五臺山。每次朝山，都不顧山高路險和氣候嚴寒，“親禮五頂，各寺拈香。”他首次朝臺返京行至五臺縣石嘴東的山谷時，“忽有虎伏林莽間，親挽雕弓射之，虎應弦斃，因撫臣請，賜名射虎川。” 后來，遂“ 發帑金三千一百八十兩”，在射虎川建寺名“臺麓寺”，是為五臺山第二大喇嘛寺。回京后，有感于五臺山寺廟年久失修，為了便于蒙藏佛教徒朝禮，“命發帑金三千兩，重修菩薩頂大文殊院及南臺普濟寺、東臺望海寺、中臺演教寺、北臺靈應寺、西臺法雷寺。”

        清高宗弘歷，事事效法康熙，更六度朝禮五臺山。乾隆五十一年二月，他第五次朝山時，其時已年逾古稀。“時適值瑞雪霏霏”，因而賦成《至靈鷲峰文殊寺即事成句》一首。他在詩下注釋云：“文殊梵經本稱曼殊師利。漢藏經內亦或書之。曼殊對音即滿珠，今衛藏呈進丹書，均稱曼殊師利大皇帝，竺蘭空號與我朝國號相符，用徵億萬年無量福祥也。”可見永保滿洲貴族江山萬世流傳，這是清朝皇帝朝禮五臺山的一個重要原因。乾隆五十七年三月，其時，乾隆皇帝已經八十高齡，但仍帶領蒙古王公第六次朝拜了五臺山。

        在清代，由于統治者的提倡和鼓勵，蒙古族中出家男子竟達到全部人口的百分之四十五；前藏喇嘛寺院就有三千余所，喇嘛達三十余萬，而百姓則僅止十二萬多戶。蒙族和藏族佛教徒對文殊菩薩和五臺山的崇仰達到了狂熱的程度。“內外蒙古進香者，每年四月至十月，絡繹不絕，檀施云集。”“驅駝馬牛羊數千里傾誠貢獻者，不絕于道。”據文物記載，光緒時，蒙族莫勒郡王阿那達阿沁爾，一次施舍給五臺山善財洞寺的財物，僅白銀就有一萬兩。不少蒙藏佛教徒還以死后然把骨灰埋在五臺山為幸。

        佛教如同其他一切宗教一樣，“都不過是支配著人們日常生活的外部力量在人們頭腦中的幻想的反映，在這種反映中，人間的力量采取了超人間的力量的形式。”對這種被顛倒了的世界，就是宗教賴以產生和存在的根源。宗教為這種顛倒的世界提供感情上的安慰、道德上的核準和理論上的辯護。佛教也是這樣。一方面，佛教用因果報應、六道輪回來解釋現實世界的不平等和貧富懸殊的原因，使之在耀眼的靈光圈的保護下，具有神圣不可侵犯的性質，對于統治階級自然非常有利，因而受到了歷代封建王朝的尊崇和推廣。另一方面，佛教又宣揚，今世忍受各種凌辱和迫害以及饑餓窮苦而不生怨垠，來世即可升入天堂。這樣又給處于水深火熱之中的勞動人民以幻想中的幸福，為勞動人民身上戴著的鎖鏈裝飾上虛幻的花朵，從而使人們在精神上感到慰藉而不愿扔掉它們。所以，佛教對勞動人民亦有很大的迷惑作用。上述兩個方面，是佛教在我國歷史上長期受到推崇而廣泛流行的原因所在。從北魏到清代的一千多年中，五臺山作為佛教圣地備受推崇和景仰，其原因亦在于此。另外，五臺山佛教的盛衰，還與封建的政治需要密切相關。正如唐代名僧玄奘所說；“正法隆替，隨君上所抑揚。”五臺山佛教的興盛在很大程度上依賴于封建王朝的政治支持和經濟扶植。而封建王朝是否大力支持，則又取決于維護其統治的政治需要。所以，五合山佛教始終是在封建政治的巨大影響下發展和變遷的。