從禪宗與律寺的關系著手，來看禪宗的發展過程，最起碼有著這樣兩個階段：一是禪律共住階段，其次是別創禪居階段。
首先是禪律共住階段。據《景德傳燈錄》卷六載：“以禪宗肇自少室，至曹溪已來，多居律寺。雖則別院，然于說法住持未合軌度故。”【《景德傳燈錄》卷六，《大正藏》卷五一，250c。】 說到從達摩祖師在少室山傳禪開始，一直到六祖惠能禪師，近兩百年時間里，禪僧大多住在律寺之中，別院而居。這在贊寧所著《大宋僧史略》卷上亦曾說到這種情況。在禪律共住階段，在形式上，禪宗還沒有形成獨立的禪林，禪修僧人亦僅是零散的分布于各律寺別院而居，集團性的修學還相當之少，禪僧亦是在傳統的戒律生活中修禪。
其次是別創禪居階段。到了百丈懷海禪師的時候，由于感到當時禪宗行人的說法、住持未合軌度，在思慮其原因時覺得大乘禪者應有其相應的規制生活，于是對于傳統的大小乘戒律“博約折中，設于制范”，務使其相宜于禪僧開悟自性的修學生活。《大宋僧史略》卷上說：
后有百丈山禪師懷海，創意經綸，別立通堂，布長連床，勵其坐禪。坐歇則帶刀斜臥。高木為[木+施]架，凡百道具悉懸其上，所謂龍牙橛上也。有朝參暮請之禮，隨石磬木魚為節度。可宗者謂之長老，隨從者謂之侍者，主事者謂之寮司，共作者謂之普請。或有過者，主事示以柱杖，焚其衣缽，謂之誡罰。凡諸新例，厥號叢林。與律不同，自百丈之始也【同上。】。
到了這一階段，開始出現集團性的禪僧修學，禪宗寺院普遍興起，在戒律規制上，禪宗亦開始創立適于自宗修學的清規生活，而與傳統的戒律有所不同，即在禪寺建筑格局上、修學形勢上、寺廟職事設立上，對僧眾的管理方法上都出現了諸多新例。
百丈清規是應禪宗教團的出現和不斷壯大的形勢而出現的，可以說，沒有禪宗僧團的出現，也就沒有百丈清規的出臺。而百丈清規的制定，又為禪宗僧團的發展提供了制度上的保障，這可說是禪宗僧團存在和發展的根本保障。禪宗的真正崛起，是以清規的創建為主要標志，而清規的制定，又為禪宗寺院的普遍興起起到了根本的推動作用。正是禪宗的特別教育法，使百丈禪師創建了禪宗特色的清規，而百丈清規又使禪宗的特別教育法得到了順利的實施。
從達摩傳禪到六祖慧能，在歷代禪者的說法與著作中，我們都可以或多或少地看出，禪修者自有其獨特的戒律觀。唯其這樣的禪修者還沒有大規模的出現時，這樣的戒律觀還僅是禪修者個體的特別經驗而已，一旦禪修者的數量達到一定的規模，這種個體的體驗就上升為這種團體的共識而固化為禪宗僧團的特別規制。從達摩祖師傳禪到僧璨禪師時代，禪修者還僅是極為個別的情形，到了道信禪師的時候，其門下就有僧俗五百余人，諸州學道者云集雙峰山，連刺使崔義玄也聞而就禮【《續高僧傳》卷二十，《大正藏》卷五十，606b。】； 而到了五祖弘忍禪師的時候，其門下有七百余僧【《景德傳燈錄》卷三，《大正藏》卷五一，222c。】，形成了東山法門；在六祖慧能禪師歸寶林寺時有“緇白千余人”【《景德傳燈錄》卷五，《大正藏》卷五一，235c。】。 隨著這樣的禪僧修學的集團性規模不斷擴大，對于管理制度的制定與成文化，也是勢在必行。唯其禪門的特殊修學方式，亦應有相應特殊的規制。百丈清規的出臺，可以說是在這樣的形勢下被呼喚出來的。
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