懺罪的方法主要用《三十五佛懺悔文》或誦百字明及金剛薩埵心咒等極為殊勝的陀羅尼。
《妙臂請問經》云：“如春林火猛焰熾，無余遍燒諸草木，戒風吹燃念誦火，大精進焰燒諸惡。猶如日光炙雪山，不耐赫熾而消溶，若以戒日念誦光，炙照惡雪亦當盡。如黑暗中燃燈光，能遣黑暗皆無余，千生增長諸惡暗，以念誦燈能速除。”
《猛利善調續》云：“念金剛薩埵十萬遍，犯根本誓言也能清凈。”
《大圓滿前行引導文》云：“每天念二十一遍百字明，不增上罪業。”
《無垢懺悔續》云：“念一百零八遍百字明，能清除一切罪障，解脫三惡趣。”
《金剛薩埵修法如意寶珠》云：“若具足四對治力，如法念誦四十萬遍金剛薩埵心咒后，則破根本誓言罪亦能清凈；且今生成辦一切所愿之義，來世亦決定往生極樂世界等自己所欲之凈土。”
如是懺悔者，能得凈罪之相，其相即如《準提陀羅尼》所云：“若于夢中夢吐惡食，飲酪浮等，及吐酪等，見出日月，游行虛空，見火熾燃，及諸水牛，制伏黑人，見比丘僧比丘尼僧，及出乳，樹，牛王，山，獅子座及微妙宮，聽聞說法。”
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