佛教寺院的首領，即最高負責人叫做住持。他的住處一般都在寺院上首偏東，名叫方丈的地方。因為根據《維摩詰經》說：身居菩薩位的維摩詰居士，他的臥室只有見方一丈，但是容量無限。以后即用這種說法來比喻住持所居的臥室為方丈。因此，住持也叫方丈和尚，簡稱方丈。但從習慣上講，子孫廟的住持仍叫住持，只有叢林的住持才叫方丈。方丈在帶領僧眾進入大殿和法堂時，往往走在最前面，故方丈又稱為堂頭和尚。
叢林的方丈和尚總管全寺院的大事，地位崇高，大多由佛學精通、戒行深厚、辦事干練、深孚眾望的僧人擔任。一般任期為五年，連選連任，退位后改稱退院老和尚，遷往西方丈居住。
在法券叢林，新任方丈都是退院老和尚的傳法弟子。有的傳法弟子多達四、五位，他們的名字都注明在《寺院法券》上，都有繼承方丈的權利和義務。他們在職能和權力上，形成一個領導集團，對寺院進行了有效的控制。在有的寺院，傳法弟子們都掛有監院的職務。正監院主管庫房，二監院主管客堂，三監院主管衣缽察等。有的傳法弟子還被派去主管一座腳廟(即下屬寺院)。子孫廟的住持則實行師徒代代相傳的制度。
方丈在寺院雖然有很大的權力，但這種權力是不能濫用的。為了保證叢林的正常秩序，寺院一般都訂有制度，用文字記載明白。有的寺院還立下石刻的《方丈銘心碑記》，確保這些制度順利執行，長期堅持不誤。《方丈銘心碑記》的主要內容有以下幾點：
一、舉方丈最要勤行佛道，謙恭惠物，在堂老練，功行罵實，參學見事明禮者。憑眾公舉，不得故卻。如若囑托權勢、私竊名位者，逐出。
二、住持方丈并法眷人等，不得招徒削發，如違逐出。凡能惠德相繼、中外皈敬、上下和悅者，一任住席；如或疏怠徇私、乖違法道，理所難容，眾議另舉。
三、方丈交替，須憑眾將常住賬目算明；什物照簿點清；不清處查出，憑眾舉罰。
四、方丈退院，例應秋收新舊交接，以免*賣谷米之弊，不得負債累寺。如負有債，退院人自還，不與常住相干。
五、退院后即是了事人也。或在本堂隱住，或退隱小院，不得咐囑傳法，察出授受并擯。
六、退院后既交付有人，當任其施展，無大故不得導每事牽掣。
此碑記對方丈推舉的條件，在位的要求，交替的規矩，退院后的希望，都講得明明白白，至今在叢林中仍具有指導作用。
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