高旻寺之名，為康熙四十二年第四次下江南，南巡時清圣祖玄燁所賜。康熙四十三年御制《高旻寺碑記》中說：“朕自三十八年奉皇太后鸞輿偕行，晨昏侍養。視河既畢，勉從輿請，濟江而南，覽吳會民生風俗。見茱萸灣塔歲久寢圮，聯欲頒內帑略加修葺，為皇太后祝厘。而眾商以被澤優渥，不待期會，踴躍赴功，庀材協力，惟恐或后，不日告竣。舊剎式廊鼎新，壯嚴宏敞，兼以？飛杰閣，憑高四眺，臨大江，通南北。因書額賜之曰：高旻寺。勒文于石，垂示久遠。”