神樹寺，位于依蘭舊城西南隅，牡丹江東岸。因里邊供奉著伏羲氏、神農氏、燧人氏的神位，又稱”三皇廟”、“三皇剎”，乾隆九年（1744年）建。
據文字史料記載，寺院呈正方形，坐北朝南向，為單檐硬山式建筑。《吉林外記》記：“正殿三楹，左右配廡各三楹，鐘鼓樓各一，大門三楹。”《吉林通志》載：“三皇廟在城外西南三里余，正殿三楹，禪堂三楹，大門三楹，殿前有神樹一株。光緒十三年，住持僧識禪募資重修。”
這大概是三皇廟又稱作神樹寺的緣故。據說寺前有一棵大榆樹，樹齡較長，枝葉繁茂，常引來游人光顧觀瞻。每到冬季，青綠滿樹，人們采之入藥，感覺非常之“靈驗”，故曰“神樹寺”。民國初年，寺廢廟頹，香火漸廢，神樹也已枯朽。說也奇怪，1945年日本侵略者投降祖國光復時，該樹又發新枝。
關于神樹寺，依蘭地區還有一則民間傳說故事。說的是努爾哈赤的先祖——斡朵里萬戶范察，其領地在呼爾哈河（今牡丹江）下游一帶。當時呼爾哈部有一群六姓野人很不服范察，常常找碴兒與之作對。一天，六姓野人糾集了不少部落的人來捉范察，范察來不及召集人馬，孤身一人逃走。當跑到呼爾哈河邊的時候，已經精疲力盡了。這時，他忽然看見江邊有棵大榆樹，虬枝密葉像把大傘，就隱藏在樹下，這時，一群烏鴉飛到樹上。六姓野人沒有看到范察的蹤影，就繼續向別處搜尋。烏鴉看追的人走遠了，就將范察叫起，范察給大榆樹和烏鴉磕了幾個響頭就離開了。后來，范察的后人為了感謝大榆樹的救命之恩，在樹旁建造了這座神樹寺。“烏鴉救主”、“神鵲佑主”的故事起源于遼沈，流傳于整個東北地區，多數是將故事的主人公還附會于努爾哈赤身上，如《罕王的故事》、《烏鴉救駕》、《索倫桿子的傳說》等等，內容大體相似，但情節稍有不同。滿族人把烏鴉和喜鵲作為神鳥圖騰來崇拜，以此來神化或歌頌自己的民族英雄。
1937年2月，周保中將軍策劃了東北抗日聯軍二、三、四、五、八、九軍聯合攻打依蘭城的行動，將前沿指揮所設在了神樹寺院內。3月19日午夜，城西部隊就是從神樹寺率先突入城內，繼而城東、城南、城北部隊相繼突入城內，占領了西北炮臺，包圍了偽二十七軍混成旅司令部，攔截了日軍守備隊的出擊，又分兵襲擊偽縣公署和中央銀行，給日偽政權和日偽軍以重創。
神樹寺內曾立有神樹寺碑一座，現神樹寺和神樹寺碑已不存。有幸的是《黑龍江碑刻考錄》一書收錄了此碑碑文。（稿源：黑龍江日報）
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