元是由蒙古族貴族建立的政權。元世祖至元八年(1271)忽必烈定國號為元，至元十六年(1279)滅南宋，統一了全國。元朝歷八十年左右，社會矛盾、民族矛盾激化，在元末農民起義急風暴雨中土崩瓦解。朱元璋取而代之，建立明朝，恢復了漢族政權。明朝歷二百七十六年，于明思宗崇禎十七年(1644)為李自成農民起義軍所推翻。東北的努爾哈赤統率女真族軍隊趁機入關，定都北京，逐步統一全國，建立了長達二個半世紀以上的清王朝。在這社會變動的前后六百余年中，佛教及佛教藝術也發生了一系列重要變化，但總體規模、氣勢和藝術成就上，都進入了一個式微時期。
宋代已開始呈現衰勢的佛像菩薩圖繪和寫經刻經等，在元代曾得到一定的復興，蓋因元朝統治者制訂了保護一切宗教的政策，尤其是密宗(藏傳佛教即喇嘛教的主要部分)為帝王顯貴所崇奉和倡導，而密宗又是儀軌復雜，講究入教、供養、誦咒、弘法儀式的宗派，加上受漢文化影響的元朝君王漸漸鐘愛翰墨，以及受異族統治的漢族文人士子格外追懷民族文化。所有這些都促成了元代佛教書畫一定的發展。
但元代佛教繪畫大多是密宗畫。隨著喇嘛教流傳地區興修喇嘛寺，寺院壁畫和寺窟壁畫又有所發展，尤以世俗化繁榮場面為時代特征，其作者大多為無名工匠。專門之佛畫大家在元代幾乎沒有。雖有擅人物或山水等的文人亦作佛像、觀音、羅漢、變相，并亦有精品，不過大多主要是以題材之變化求筆墨之意趣，情感表現性強而宗教象征性弱。有佛畫佳構驚世的趙孟頫等數人畢竟無力回天。元代整體上已不見前代佛畫有過的莊嚴輝煌，實際上顯示出自宋代萌生的佛畫衰運之趨勢。元代佛書呈復古(宗晉唐傳統)態勢和規整風格。中國書法史上大家趙孟頫是元代書畫，也是佛教書畫之第一人。此外，元代佛教書畫也體現出以書入畫、以畫入書互相滲透融匯的特點，追求清空靈透、高雅絕塵的風韻與境界，實則是與禪境相通的。元代是禪畫的終結階段。
到了明清時代，魏晉南北朝和隋唐那種金碧輝煌、壯闊宏大的佛教藝術和五代兩宋那種禪機滲透、簡淡悠遠的禪畫，統統成為歷史過去了，連元代一時振興的那種絢爛神秘而帶恐怖感的密宗藝術也盛況難再。佛教書畫隨著佛教的衰微而趨于沒落。
但佛教畢竟已經融進中國文化。明代時，明太祖朱元璋少時嘗在皇覺寺為僧，取得政權后又選高僧使侍諸王和招徠外國僧人，授以封號、官位。明中葉武宗朱厚照亦崇佛通經，自號“大慶法王”，倡導佛教。這樣，明代佛教還有一定聲勢。但佛教書畫仍無大起色，在書畫藝術中只列次要地位。明代繪畫以山水花鳥為主，“至于神像及地獄變相等圖，則百無一矣”(明謝肇淛《五雜俎》)。明以及清代的文人士子書畫并重，在書家、畫家作品中，在畫家書法和書家繪畫當中，都有一些佛教題材作品，但與其說主要是為了傳經弘法，不如說更重在抒發性靈和追求筆情墨趣，從而也更具個性風格特征。這些繪畫縱然有少數亦注重禪機悟境的蘊藉，但不少卻是只承前代禪畫的疏簡清淡形式而不求禪意禪境，不過作者的宗教感情卻是或多或少存在的，一些文人佛畫也納入宗教膜拜體系。
有明一代的佛書大多體現帖學書風，亦學晉宗唐，本身尚秀媚可觀，少數佛書還自有風神，但畢竟在總體上缺乏氣勢力度，亦少有新的發展。到明代中期文徵明等人振作書風，也傳下了精美的寫經等佛教書法。明末董其昌以禪學論書學，又以禪家分宗為比喻，劃分歷代山水畫家為南北兩派，這些理論對清代影響很大。
清代之佛教繪畫隨著佛教繼續明代之衰勢，且更為萎靡不振。道釋畫在清代畫壇幾乎沒有獨立的地位，雖有山水、花鳥、人物畫家間或圖寫佛像、觀音、羅漢、鬼神，多少帶有宗教的虔誠，也主要是當作抒情達性的工具，未必都納入宗教膜拜體系。以佛畫名世者惟丁觀鵬等幾人而已。民間佛畫形式多樣，因時代去今未遠，仍有不少留存，看來較為熱鬧。明、清佛教圖像中尤多羅漢，流傳著取自中國人形相的《五百羅漢圖》。佛畫不盛，然而需要指出的是，清代繪畫以山水、花鳥最為發達，卻是與許多禪門高僧畫家的貢獻分不開的?！扒宄跛纳焙肴?、髡殘、八大山人、原濟的禪意山水、花鳥，強調“陶詠乎我”和“借古開今”，別具一格，匠心獨運，影響了清代畫壇。
清代書法略有振興，得力于清朝初、中期幾代皇帝(世祖福臨、圣祖玄燁、高宗弘歷)為了政治和藝術的原因而鐘情華夏翰墨，臨帖揮毫，倡導書藝。繼明代之后至清宣宗道光(1821-1850)之前，崇尚魏晉以下鐘(繇)、王(羲之)、顏(真卿)等書風體系的帖學非常流行。道光前后書壇開始出現變革。金石考據學的發達和乾隆嘉慶(1736-1821)間北朝和隋代碑志銘記的大批出土，使守成太久的帖學盛極而衰，有創意的書法家受撰寫《南北書派論》、《北碑南帖論》的阮元及其同道的影響，使書風從纖弱走向遒勁，開始走出自己的路。清代佛書亦同時反映出書壇這一變化，代表者如鄧石如、伊秉綬等人，在其佛書中體現“碑學”書風，并以融合其他書體技法的篆、隸體書寫佛教文字。此外，元明清三代高僧法師中尚有一些人擅翰墨，留有墨寶，大多精致雅美，但突出者寥寥。惟“清初四僧”書法，自成風格。近代禪門高僧大德弘一，依西洋畫圖案之原則作書，醇樸自然，別開生面，為書史上獨立一派。
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