伏藏的來源是：前弘時期由連花生大師、無垢友、赤松德贊王、耶協(xié)措杰、魯·南喀寧布、白若咱那、魯·桑結(jié)耶協(xié)等人，先后將密乘經(jīng)典法門埋藏于山巖土石之間。到后弘期時，逐漸有人將這些經(jīng)典發(fā)掘出來，弘傳于人，這些經(jīng)典便稱為伏藏法?！都芤饫m(xù)》、《密集續(xù)》、《幻變網(wǎng)》、《修部八教》、《如來總匯》、《文武百圣》、《閻曼德迦》、《馬頭金剛》、《金剛橛》等經(jīng)典講解、教敕、灌頂以及修法的儀軌事相等，皆是伏藏法要。伏藏中最重要者為《大圓滿》，伏藏中所發(fā)掘出來的經(jīng)書與經(jīng)典傳承所傳之經(jīng)典大多相同。不過，有的經(jīng)書中當(dāng)然有偽造改篡之事。伏藏之法，天竺古來就有，藏地其他宗派是屢見不鮮的。寧瑪派的伏藏法從根本續(xù)到實(shí)修事相有一套比較完整的體系(《智者喜筵》上623－625頁、《降央欽則文選》39－44頁)。
至公元11世紀(jì)時，扎巴恩謝堅(jiān)將所掘出之伏藏收集在一起，修建了以扎塘為首的108處道場收藏之。當(dāng)時最重要的發(fā)現(xiàn)是發(fā)掘了《醫(yī)明四續(xù)論》。至于寧瑪派最主要的密典發(fā)掘是公元12、13世紀(jì)之時，由有名的上下大掘藏師掘出的。上掘藏名安達(dá)娘，本名尼瑪沃色，或稱娘熱巴。他在洛扎的昆庭、扎森摩八吉和馬沃角等處掘出密宗最重要的法典和法器。他把伏藏大法傳給其子安達(dá)·卓袞南喀白，南喀白傳子羅丹，羅丹傳子兌杜(《智者喜筵》上627、630、631頁)。下掘藏師名古汝卻季旺秋。他曾在洛扎的喀曲和朗格扎等處掘出《修部八教》、《密集》、《金剛橛》、《馬頭明王》等重要密法。他的弟子白旺欽繼承了他的事業(yè)(《智者喜筵》上634－639頁、《降央欽則文選》41－42頁)。
伏藏中最大的發(fā)現(xiàn)是《寧提》四部：
《毗瑪寧提》：暗藏在桑耶秦浦，由掘藏師鄧瑪倫杰掘出；
《堪卓寧提》：系佛母措杰獨(dú)得蓮花生大師傳授，由掘藏師白瑪勒哲則掘出；
《喇嘛央提》：此為隆欽然絳巴所掘，是廣釋《毗瑪寧提》的書
《堪卓央提》：亦是隆欽然絳巴所掘，是廣釋《堪卓寧提》的書
上下掘藏大師等掘出之伏藏法是寧瑪派根本典籍，作為講解和實(shí)修的重要依據(jù)(《智者喜筵》上574、649頁、《降央欽則文選》41、42頁)。
繼上下掘藏大師之后，又出現(xiàn)了許多有名的掘藏師，掘出了不少重要密典，尤其是還掘出了重要的歷史文獻(xiàn)。如公元14世紀(jì)鄔堅(jiān)林巴掘出的《五部遺教》等等。
公元15世紀(jì)時，熱特林巴將上下兩大掘藏師等所掘出的伏藏匯集到一起，稱為南藏。公元17世紀(jì)居美多吉在雅魯藏布江南岸建敏珠林寺，寺中講修教典以南藏為主。公元16世紀(jì)仁增郭季定楚堅(jiān)也掘出不少伏藏，并與前代所掘的匯集一起，稱為北藏。公元16世紀(jì)北方絳地的扎西多吉在雅魯藏布江北岸建艾旺噶巴卻德道場，其子仁增阿格旺布始正式擴(kuò)建為多吉扎寺，寺中講修教典則以北藏為主(《降央欽則文選》12、15頁)。以上是伏藏傳承情況，由于后期所有掘藏大師都各建寺廟，弘傳自己所掘出的教法，遂以寺廟為單位，形成了各自的傳承系統(tǒng)。
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