虎丘始盛于春秋吳國闔閭之時，距今已有二千五百多年的歷史。東晉時司徒王旬與其弟王珉在山下之東西兩側分別建造別墅，咸和二年（公元327）王氏兄弟舍宅為東西兩寺，名“虎丘”當時寺宇頗為壯觀，為東南一大名剎，從此虎丘就開始產生了佛教文化。
梁代《高僧傳》、《續高僧傳》記載：東晉高僧竺道生、憨憨尊者和歷代高僧，都曾在虎丘山弘揚佛法，并在寺中當過住持，還留下了生公講臺、點頭石、憨憨泉、五十三參等名勝古跡和不少動人的傳說故事。早在陳代（公元557~559年），虎丘山上已建有塔，而現在的虎丘塔則為后周顯德六年至北宋建隆二年（公元959~961）建造。北宋知州魏癢奏改寺名“云巖禪寺”，塔也改稱為“云巖寺塔”。
北宋景四年（公元1037），虎丘建造“御書閣”，以御書三百卷藏于寺中。北宋熙寧七年（公元1068），建造石觀音殿亦稱“應夢觀音殿”，是一座特具宋代建筑的石室。北宋末年及南宋時期北方戰亂，人口大量南遷，促進了江南經濟和佛教文化的興旺繁榮。此時的虎丘山也變得極為興盛。高僧紹隆法師到虎丘講經，并寓住虎丘，當時眾僧云集，一時道聲大揚，遂形成禪宗一派―――“虎丘派”紹隆法師在佛教界影響甚大，名聲一時譽重寺宇內外，那時日本使者來到中國必至虎丘拜謁。宋紹興六年（公元1136），紹隆法師圓寂后，建塔于虎丘之東山廟西松徑后，塔前豎有一石坊，題為：“臨濟正傳第十二世隆禪師塔”，俗稱“隆祖塔”，現已蕩然無存，其墓道至今尚在，原址上現已建有一亭，內掛有一匾額為：“天下臨濟宗祖庭”，時有日本佛教界信徒前往拜謁。
元代至正四年（公元1341）山寺重加修整，并鑄巨鐘，還建有鐘樓。同時還建造了風格特異具有“斷梁殿”之稱的二山門。明代洪武二十七年（公元1374）寺毀于火。到永樂初山上的住持普真又重建佛殿。
清代初期，虎丘又進入了興盛時期，康熙二十八年至四十六年（公元1689―――1707）玄燁曾先后六次巡幸江南至虎丘。乾隆十五年（1750），僧祖通以募捐對山寺大加修葺，那時虎丘山上的殿宇寺廟由北向西連綿聳峙。據歷代僧人相傳虎丘最盛之時，在山的周圍廟宇建筑林林總總，有五千零八十間之多，堪稱東南一大名剎，并勝聞天下。
隨著歲月的流逝，滄桑巨變，虎丘山現存的佛教文化景點已所剩無幾。尚存景點僅有：大殿（原來的天王殿）、五十三參、平遠堂、通幽軒。最為遺憾的是“云巖禪寺”這一名剎古寺，至今尚未得以恢復建造，令人無不為之可惜。 
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