西藏長期分散割據的形勢，導致不同地區自立政權間的不斷斗爭，也促進了地區間的競爭和多方面開發。10世紀以來，農業有了較大的發展，手工業和商業開始興起，特別是在河谷地帶。阿里的定日、聶朗，后藏的拉孜、古爾莫等地，已形成商業市場；阿里的古松、北部的洛丁等地則開礦采金。社會財富有相當的積累。據統計，僅由藏赴印留學的150余僧人，即化費黃金11萬余兩。在這些經濟區域，佛教勢力與地方領主結合為一，形成了許多各自為政的政治文化中心。這是滋生佛教宗派的主要原因。

在這個時期興建的寺廟僅衛藏地區即有200余座，且多由地方封建領主把持。寺主與領主相兼，成為地方世俗勢力與佛教勢力結合的據點。例如赴多康學法的諸僧中魯梅·粗赤喜饒回衛藏后當了噶瓊寺的寺主，熱西兄弟當了格杰南瑪林寺寺主，章·意希允丹當了康松桑康林寺寺主，巴·楚臣洛追兄弟當了桑耶寺寺主。后來魯梅又進到拉薩綸區，在衛地上部的那摩修建了恰德烏寺。魯梅的弟子向那囊多吉旺曲修建了杰魯來廟，由此形成“向系”，翱絳曲瓊乃修建葉爾巴哇讓寺，形成“俄系”；蘭耶歇喜饒修建加賽崗寺，形成“蘭系”；主梅粗赤瓊乃修建塘波且寺，形成“唐系”。此四系總稱“魯梅部”。

與此同時，赴多康學法的衛地僧人中，巴·楚臣洛追，在彭波修建南巴吉布寺，形成“巴部”：熱西·楚臣旺秋在墨竹修建昌沃寺，形成“熱部”；章·意希允丹在彭波修建恩蘭吉莫寺，形成“章部”。這樣，魯梅、巴、熱、章四部逐漸在拉薩地區發展起來，成為藏傳佛教的骨干力量。當然，類似情況在其它地區也存在。

多財富和多職能寺廟的建立和穩定發展，特殊地增強了師徒間的傳承關系，有些寺廟，甚至只在自己家族內授受繼承。甲律師（1091—1166）在須浦地方建立了一個以講授戒律為主的寺廟，他死后，其侄子饒卻旺繼任該寺堪布，此后，饒卻旺家族便世代統治著須浦地方。由于一些本來就是具有特權的吐蕃貴族后裔，出家后取得寺院的主持權，更加保證了本家族在該地區的統治地位，如薩迦昆族、帕主郎族等。這些因素很容易造成帶有宗法性質的宗派觀念。

當時傳入西藏地區的印度佛教，顯密均有，流派很多，他們各有傳承，自立門戶，逐漸形成自己特有的教理和修持方法，這也是促進西藏佛教宗派觀念強烈的重要原因。

總之，西藏佛教特殊強烈的宗派觀念，來源于各地寺院在政治、經濟利益上的矛盾和教義修持上的差別。它的進一步發展，就是全面對抗，以至發生軍事沖突。據藏文史籍記載，從11世紀中葉至12世紀初，前述魯梅、巴、熱、章四部之間就多次有過戰爭。1106年，魯梅部與巴、熱兩部在桑耶交戰，桑耶寺被焚毀，后經惹譯師多吉扎修復。1160年，四部又在拉薩、雅隆、彭波等地混戰，大昭、小昭、昌珠等寺部分遭到破毀。大小昭寺后經修復，另由當時經濟、軍事實力最強的佛教首領貢塘喇嘛尚照管。這樣的爭斗在其它地區寺院間也屢有發生。西藏的諸大教派就是在這種情況下逐步形成的。

11到12世紀由“三素爾”創建了“寧瑪派”。1057年，阿底峽弟子仲敦巴建熱振寺作為據點，形成噶當派。此后16年，即1073年，昆·貢卻杰布建薩迦寺，薩迦教派誕生。11世紀中葉，瑪爾巴、米拉日巴建噶舉派，之后噶舉派繁衍出四派，其中帕竹一派又分出八個支派，總稱為“四大八小”。到12世紀，教派競立，達到歷史上最高潮。

這些教派都是把興建的寺院，作為擴大勢力范圍的據點，從而左右本地局面。最初建立的寺院稱為母寺，后隨地盤擴大而興建的，稱作子寺。這種情況延續13世紀中葉，蒙古闊端派軍進藏以后，才有新的變化。

一、寧瑪派

寧瑪派是藏傳佛教史上最悠久的一個教派。“寧瑪”的字義是古和舊。因為他們的教法自稱是從8世紀進藏的蓮華生、無垢友等傳下來的，起源最古；還以傳播弘揚吐蕃期所譯舊密咒為主，故謂之“舊”。寧瑪派就是由標榜“古舊”密教而得名。

此派寺廟垣墻涂以紅色，僧人戴紅帽，穿紅袈裟，又俗稱“紅教”。

密教在西藏的發展有兩個系統。其一是由吐蕃王朝贊普支持，限制在上層統治集團和某些寺院中流行，典籍的翻譯和傳播嚴格控制，一些密法則秘密傳授，禁止公開宣揚。另一個系統，是深入民間，同苯教的巫術和傳統的醫術緊密結合，在廣大的下層民眾中秘密流通。9世紀達磨滅佛時，前一系統受到打擊，但散在民間的，不但延續了下來，而且有了更大的發展。在民眾中傳播密教的人，僅掌握舊派密法中的若干法門，既沒有系統的密教教義和教法體系，也沒有寺廟和僧伽組織。他們以家庭為本位，父子、兄弟、叔侄相傳，具有極其狹隘的宗法性和苯教色彩。到11世紀，素爾家族的三個成員先后建立寺廟，整理教法，組織一定規模的宗教活動，收徒傳法，史稱“三素爾”。一般認為，他們就是寧瑪派的始建人。

素爾波且（1002—1062）本名釋迦迥乃，因首創烏巴垅寺，又稱烏巴垅巴。他曾隨許多舊派密咒法師學習，并開始整理本宗典籍，確定一些根本怛特羅，加以注釋，闡明它們的成就法和儀軌等，使之系統化。他的弟子很多，經常修定的有108人。素爾波且曾向卓彌譯師獻黃金百兩，以學“道果法”， 還和顯宗法師、苯教教徒共建一座寺廟，說明他和苯教及佛教的其它教派取合作態度。他是梵行者，一生沒有娶妻。

素爾穹·喜饒扎巴（1014—1074），又稱拉結欽波（意為大醫師）。本是行乞僧人素爾貢之子，素爾波且收為養子，人稱素爾穹（意為小素爾）。他受命講經，主講寧瑪派的重要經典《集密意經》，聽眾達300人。他學到了素爾波且的全部密法，并接替了烏巴垅寺主職位。此后，他又去甲臥地方修法13年，據說證得“一切事物皆金剛薩埵性”，達到寧瑪派獨有的“大圓滿”境界，故又號“甲臥巴”。他曾謁見桂·枯巴拉哉譯師，從學《喜金剛經》。桂·枯巴拉哉人稱桂大譯師，阿底峽弟子，最初從學卓彌譯師，后三赴印度，長期依止靜賢譯師，學集密龍猛派教法，翻譯有《勝樂金剛空行續》、《四座續》、《摩訶摩耶續》、《歡喜金剛續》等，主要弘傳龍猛派集密教授。喜金剛又稱歡喜金剛、飲血金剛，藏名“杰巴多 吉”，是藏傳密教五大金剛之一。修以五大金剛為本尊的蜜法，稱作“五部無上金剛大法”；《喜金則經》就是闡述修習歡喜金剛法的本尊、壇城（曼陀羅）、灌頂、儀軌等方面的經典。

素爾穹的弟子很多，著名的也有“四柱八梁”之稱。他的家庭在一般佛教徒中是最富有的，他的三個兒子、數個女兒修習寧瑪教法都很有成就。

濯浦巴（1074—1134），本名釋迦僧格（釋迦獅子），又稱拉結欽波濯浦巴（意為濯浦巴大醫師），因為他在濯浦地方建造了濯浦寺。他是素爾穹最小的兒子， 15歲開始學佛法。成年以后，由于需要照管日益增多的家產，無暇外出求學，就將其父的弟子，所謂“四柱”者請到家中，教他經、幻、心三部寧瑪派密法的教授、儀軌、灌頂等，又向別人學到“大圓滿法”，將寧瑪派又推進了一步。他的弟子多達千余人，其中著名的有“四麥”、“四納”、“四敦”等12人。弟子們又向四周分頭布教。

素爾家族屬于平民，但很富裕。他們依靠特殊的宗教職業積聚財富，并成為創立教派的領袖人物。“三素爾”活動于11世紀上半期到12世紀上半期，屬于寧瑪派的經典傳承，即“噶瑪”系統，所傳內容主要是“幻變”和“集經”兩部。

大約也在11世紀，寧瑪派還出現了另一個代表人物——絨·卻吉桑波，是后藏空絨地方人。他懂因明、吠陀和其它世典，譯有密典，并作過注疏，亦有論著。他精通藏文文法，曾為念智稱（即彌底）的《語言門論》作注，自己也寫了幾部文法書。他學識淵博，故有西藏班智達之稱號。他也是寧瑪派以經典傳承（“噶瑪”）為主的人，密法則以“心品”為中心，但特別帶有土著的色彩，往往被認為不是印度傳來的正統佛教，影響卻很大。他的教法后來又分成三個系統：心部、自在部和教授部。這三個系統各有師承而又互相關聯，其中教授部稱為“大圓滿法”，更是寧瑪派特有的密法。

到14世紀，寧瑪派出現了第五個代表人物——隆欽然絳巴（1308—1364），他本名智美斡色，12歲出家，先后修持各教派的密法，又在桑浦寺學習“慈氏五論”、“法稱七因明論”等顯教論著，終于成為顯密兼通的名僧。他對寧瑪派的密法加以修訂，撰有相當多的著作，其代表作是《七寶藏論》，后來成為該派寺院的必讀書。隆欽然絳巴曾到不丹傳教，在那里修建了一座名叫塔爾巴林的寺院，成為不丹境內寧瑪派的活動中心。此后，不丹又將寧瑪派傳到尼泊爾。不丹、尼泊爾的寧瑪派僧人經常到四川德格縣境寧瑪派的佐欽寺學法。

寧瑪派的特點是組織松散，教法不一。它的骨干有兩類：一類是在家的咒師，藏族稱為“阿巴”，他們人數很多，各有傳承，專靠個人法術、咒術，分散在社會上活動，既不讀佛書，也不重佛理，與苯教咒師相似，被一般民眾視作真正的寧瑪派人。另一類是出家僧侶，住在寺院，遵守戒律，有嚴密的教階制度和寺院管理制度，相對注重經典和佛理。

寧瑪派所奉經典也有兩類：一類是8、9世紀以后，一直在民間傳承下來的經典，即所謂“噶瑪”。另一類叫做“伏藏”，即所謂“戴瑪”。據說，這些“伏藏”原是蓮華生等埋藏的經書，經后人發掘，得以流通，所以備受寧瑪派的尊崇。對于這兩類經典的真實性，其它教派表示懷疑，認為實是出自寧瑪派教徒的偽造，這也是寧瑪派長期被否認是佛教教派的重要原因。據說后來有人在古寺里發現了一些梵文寫本，其中有寧瑪派經典譯本的原本，這才掃除了懷疑和反對意見。

事實上，寧瑪派的教法和供奉的神祇，有不少是從苯教吸收來的，教義又有類似漢地佛教禪宗的內容，與印度佛教確有明顯的差別。

寧瑪派在建寺授徒，逐步組織起來的同時，也著手研習宗教理論，力圖向經院化轉變。他們規定，本派偕人應學的顯宗經籍為13部，包括《現觀莊嚴論》、《莊嚴經論》、《寶性論》、《辯法性論》、《辨中邊論》等所謂“慈氏五論”，《根本般若論》、《寶鬘論》、《回諍論》、《七十空性倫》、《廣破入微論》、《六十正理論》等所謂“龍樹六論”，以及功德光著《戒律本論》、寂天著《入菩薩行論》。此外，《俱舍倫》為必修課，《因明》為選修課。對于這些經典，寧瑪派有自己的解釋，主要表現在隆欽然絳巴和戎松班智達所著的教程中。修習密法所依據的根本密典是18部怛特羅，即《大圓滿菩提心遍作王》、《金剛莊嚴續教密意集》、《一切如來大密藏猛電輪續》、《一切如來遍集明經瑜伽成就續》、《勝密藏決定》、《釋續幻網明鏡》、《決定秘密真實性》、《圣方便絹索蓮花曼》、《幻網天女續》、《秘密藏續》、《文殊輪秘密續》、《后續》、《勝馬游戲續》、《大悲游戲續》、《甘露》、《空行母焰然續》、《猛咒集金剛根本續》、《世間供贊修行根本續》。

寧瑪派受內地佛教判教方法的影響，作出本宗的判教，即按顯密二教和佛三身之說，把一代佛法判為“九乘”，其中“聲聞”、“獨覺”、“菩薩”等三乘屬于顯教，是“化身佛”釋迦牟尼所說，稱為共三乘。事部（作密）、行部（行密）、瑜伽部（瑜伽密）等三乘屬于密教，是“報身佛”金剛薩埵所說，稱為密咒外三乘或外密乘；生起大瑜伽（大瑜伽密）、教敕阿魯瑜伽（無比瑜伽密）、大圓滿阿底瑜伽（無上瑜伽密）等三乘，稱作無上內三乘或內密乘，是“法身佛”普賢所說。“九乘”中的前三乘，屬顯密二教所共奉，中間三乘為密教諸派所共行，最后三乘則是寧瑪派所獨有。在寧瑪派獨有的三乘中，三素爾的密法傳承屬第七“生起大瑜伽密”和第八“教敕阿魯瑜伽密”；絨·卻吉桑波所傳一系，屬第九“無上瑜伽密”。隆欽然絳巴特別提出了“大圓滿法”（相當無上瑜伽密），被認為是更加完善了。從這個判教中，大致可以看出寧瑪派同佛教其它顯密諸宗的共性和本宗的個性，而無上瑜伽的“大圓滿法”，被視作最高的密法，在寧瑪派中尤居重要地位。

“大圓滿法”又分為三部，即心部、隴部（又稱自在部、界部）和教授部。其中心思想是教授部，以雙身修法為手段，同時也包含后三乘的全部瑜伽密。它的理論基礎與漢地佛教占統治地位的“真如緣起”說一致，認為人的心體是本凈的，只是受到煩惱、塵垢的障蔽，才生起世俗世界的一切現象的。修習的目的，就在于保持“心體”本凈的狀態，即聽其自然，任“心”隨意而住。在修持中，要求擺脫各種迷惑（無明）和欲望（貪），以“心”之“空虛明凈”，而領悟性空之理，使二者完全契合，這就是修持“大圓滿法”的最高成就，也就是“即身成佛”。這類思想與禪宗的“見性成佛”、“直指人心”，等主張尤其接近。

寧瑪派內部主要有三種傳承：經典傳承、埋藏（伏藏）傳承、甚深凈境傳承。經典又分三種，即“幻變經”（相當于大瑜伽密）、“集經”（相當于無比瑜伽密）、“大圓滿法”。

“埋藏傳承”指由伏藏經典為依據的傳承。從12到16 世紀，寧瑪派出現了不少挖掘伏藏的法師，被稱作“代敦”。

“伏藏”大致分為四種，即“上部伏藏”（“堆代”）、“下部伏藏”（“麥代”）“南藏”（“號代”）和“北藏”（“羌代”）。

“伏藏”是佛教在特殊困難條件下，保存經典、法器等的一種手段，與漢地的“末法”思想和預防“毀法”事件一樣，并不是寧瑪派一家獨有。有些學者把從敦煌石窟中發現的古藏文文書等資料也視為“伏藏”。因此，在“伏藏”中確有不少有文獻價值的史料。除早期佛教經典的梵文譯本外，還保存有吐著時期的歷史資料和傳說，也有醫學等書籍。西藏佛教僧人把伏藏典籍稱作“代卻”（藏法）、“秘籍”，并匯集成書，名為《藏寶總集》。但就專以“伏藏”傳法的寧瑪派而言，屬于自我創造的當大大多于實際的發現，因而也最能反映此派的民族特色，這同漢地佛教以翻譯名義自造經論的作法相似。

寧瑪派在其形成的初期，雖也建了寺院，但為數極少，且不具規模。發展到16、17世紀，在前藏和康區，建起了幾座有影響的寺院。這些寺院由于伏藏經典的傳承不同，分為六個支系，各以主寺為系名。

噶陀寺（在四川白玉縣境）：創建于12世紀，是寧瑪派最早的寺院，由濯浦巴的再傳弟子伽當·德謝喜巴（1127—？）所建。主要傳授“南藏”，附帶傳授“三素爾”所傳經典。該寺歷代受德格土司的扶持，寺主采取”轉世”形式世代相承，寺產富足，是藏傳佛教中極有名望的寺院之一。

多吉札寺（在拉薩以南雅魯藏布江北岸，全稱“土登多吉札”寺）：系16世紀扎希道杰創建，是寧瑪派在前藏的主要寺院。扎希道杰原是十三萬戶之一拉堆繹地方的統治者，在與辛廈巴·才旦多吉斗爭中戰敗，便游方傳教，集聚學徒組成“艾旺教團”。此寺主要弘傳“北藏”，亦兼傳“三素爾”經典。寺主亦以“轉世”相承。

敏珠林寺（在山南扎囊縣城，全稱“烏堅敏珠”）林：

17世紀中葉由居美多吉建造，是寧瑪派在山南的主要寺院。它以傳授“南藏”為主，亦授“三素爾”經典。寺主取父子或翁婿相承方式。該寺受到原西藏地方政府（噶廈）的重視，噶廈所屬僧官學校的校長（格根欽波），由該寺僧人中委派，已成慣例。

佐欽寺（在四川德格東北）：于1684年由德格土司阿旺扎西所建，是該派在四川藏區最著名的一座寺院。國內藏區及國外不丹、尼泊爾等的寧瑪派僧人常來這里留學。此寺以前面提到的十三部經典為顯宗必修科目，隆欽然絳巴和欽孜沃色的著作也要學習；密宗方面以“八大法行”（屬大瑜伽）為必修，并實修“大圓滿”等密法。寺主由轉世法相繼。該寺曾有百余座屬寺，分布在四川甘孜、阿壩，青海王樹等藏族自治州境內。

貝域寺（四川白玉縣城附近）：大約建于17世紀，由仁僧袞桑喜饒創建。該寺同噶舉派的帕竹、噶瑪支系關系密切，其教法和帕竹噶舉的瑪倉支系教法揉合為一，歷代轉世的活佛都要到德格縣的八蚌寺受戒。八蚌寺就是噶瑪噶舉的寺院。貝域寺也有過近百座屬寺，分布于青海的果洛、西藏的江達和四川的甘孜、阿壩等地。

上述五座寺院多在四川德格土司的領地之內，受到歷代土司的支持。

此外，18世紀中期，在佐欽寺以東還建有一座西欽寺，影響不大。另一座是8世紀赤松德贊時建的桑耶寺，早先傳授舊派密法，后歸寧瑪派掌管。一次火災之后，由薩迦派修復，寺權大部歸薩迦派，只有“袞康”（護法神殿）仍屬寧瑪派。但此寺的寧瑪派僧人頗受原噶廈政府的重視，凡遇重大政治事件或較大自然災害，都要請他們的首領到拉薩去舉行析禱儀式。

寧瑪派的寺院組織同其它各派大同小異。其學經組織一般分設“三院”，即法相學院（岑尼扎倉）、密宗學院（舉巴扎倉）、講說院（協扎倉）。法相學院主要講習顯宗十三部及《俱舍論》、《因明》（選修），負責人稱堪布，其下設有管理教學的若干執事僧人。學員稱作“貝恰瓦”（學僧），他們學經需由自己別請經師。學僧每年有一次考試，按因明方式答辯。大約15年至20年左右，可以學完13部大論，經堪布考試，成績優秀者授予“然絳巴”學位。密宗學院的負責人稱“多吉洛本”（金剛教長），也有堪布。所循密典為18部怛特羅，所行主要是該派獨有的八部密法。其教學和修習按寧瑪“九乘”的次第進行，對每一密乘，均需通曉它的經咒、灌頂、曼陀羅、儀軌等系列。修完一乘密法后，再入修行院（主扎）靜修3至5年。修密者必須事先發誓（當加），嚴格信守，包括未受灌頂及未得傳承者不得翻閱密宗典籍，修持的詳情細節不得外傳等。考試由“赤本”（傳授修行者）主持。在較具規模的寺院，尚設有講說院，學僧稱“柔乃巴”（明者），專門培養具有語言文字、文學、歷算等知識的人才。

寧瑪派始終沒有形成領導全派的中心寺院，也就沒有形成統一的、相對強大的寺院集團勢力。

寺院供奉的神像種類繁多，不少是來自苯教。普遍供奉的有八部，是密法修習生起次第的八大法行（八部修法）中供奉的“本尊”（伊達木）。其中文殊、蓮花、真實、甘露和金剛撅，分別代表佛的身、語、意、功德和事業，稱為“出世五部”。行者在瑜伽修道中，需要想象自己的身、語、意、功德和事業與佛的完全相應，修哪一部，就用代表哪一部的本尊神像。此外，“差遣非人”、“猛咒咒詛”和“世間供讚”稱作“世間三部”。他們原屬苯教的神祇，在這里被當作佛教的護法神，如差遣非人的“非人”，藏語稱“瑪摩”，就是苯教中的一種兇神。這三部的修法次第與密宗四部（事部、行部、瑜伽部、無上瑜伽部）中的“行部”世間曼陀羅相同。

寧瑪派有深厚的傳統基礎，在長期處于落后愚昧而無力的群眾中，有廣泛的市場。它的教法中保留了許多原始的，以至野蠻的因素，尤以血祭中用人體器官為最甚。他們不時受到其它教派的反對，但更經常的是得到統治集團的支持。元朝統一西藏以后，寧瑪派被朝廷承認，并受到優待。13世紀寧瑪派僧人釋迦沃，通過官員把一部“伏藏”經典——“才曲”，獻給元世祖，忽必烈賜以僅次于帝師的“拔希”（即法師）稱號。稍后，另一寧瑪派僧人雍敦巴（1284—1365）來到北京，朝廷給以優禮，并派他到一個甘旱地方求雨。還有一個桑結扎，也曾進京，元帝賜給他大量土地。

寧瑪派在藏地特別受到有權勢的格魯派（黃教）的支持。五世達賴阿旺羅桑嘉措（1617—1682）本人兼修寧瑪派教法，并撰有這方面的著作。他的弟子白瑪仁增（1625—1697），還專程前往寧瑪派的佐欽寺朝訪，該寺把白瑪仁增作為第一世佐欽活佛。此后，一些掌權人物如羅鼐等，繼續支持寧瑪派，有的也在修習黃教教法之外，兼修寧瑪派教法。

二、噶當派

噶當派是以所傳教法的特征命名的。“噶”意為佛語，即佛的言教，“當”為教誡、教授，兩字合在一起指佛的一切言教，包括顯密經典，都是佛徒全部生活中必須遵循的原則。其教法淵源于阿底峽，但創始人則是阿底峽的著名弟子仲敦巴。

仲敦巴（1005—1064），出生在堆垅（拉薩以西）的富豪家庭，幼年在許（郎縣）學藏文，后遷居康區，拜賽尊為師學佛。1045年初，至布讓正遇擬邀請的阿底峽，后與來迎阿的衛藏僧侶代表一起，經后藏貝塘抵拉薩。自此一直追隨阿底峽。1056年，阿底峽死后的第二年，仲敦巴接受藏北當雄一帶地方頭人的邀請，前往熱振傳教，并建立了熱振寺，以此為中心，噶當派逐步發展壯大起來。

仲敦巴一直是在家居士。隨他學經的僧人有5、60人。他死后，熱振寺的堪布由阿底峽的另一弟子南交欽波（1015—1078）繼任，擴建了寺院。再傳之后，才由仲敦巴的弟子博多哇（1031—1105）擔任堪布。博多哇和仲敦巴的另一弟子京俄巴分別收徒傳教，由此分成噶當派的兩個支系，即教典派和教授派。

教典派強調佛教經典的地位，重視對佛籍的學習，由此而得名。博多哇在未擔任熱振寺堪布以前，門徒已有千余人。后來他離開熱振寺，另建博多寺，使噶當派的聲勢在衛藏地區大加發揚。

博多哇門下以朗日塘巴（1054—1123）和夏爾哇巴（1070—1141）最有影響，都著重于講經傳教，前者有徒2 千多人，后者有弟子3600人。夏爾哇巴弟子中的甲·怯喀巴和董敦，又分建寺院，在教典派內形成兩個系統。

甲·怯喀巴（1101—1175）在拉薩附近的墨竹建怯喀寺，并任堪布，死后，由賽·基布巴繼任。賽·基布巴（1121—1189），于1164年左右又建基布寺（又稱新怯喀寺），任兩寺堪布。死后由拉·隆格旺秋繼任。

拉·隆格旺秋（1158—1232）出身于吐蕃王室的后裔雅隆覺臥家族，自此開始，怯喀和基布兩寺的堪布都由代表封建地方勢力的這一家族成員擔任。拉·隆格旺秋曾向1204年進藏的喀且班欽·釋迦室科學習佛法。據說喀且班欽是印度那爛陀寺的最后一任寺主，他帶來了“說一切有部”戒律，使四部戒律，（說一切有部、大眾部、犢子部、上座部）在西藏佛教中得以齊備，此后繼任兩寺堪布的是拉·卓微袞波（1186—1259），本名絳曲沃，在任兩寺堪布期間，憑借自己的宗教影響和本家族的政治經濟實力，兼并了許多寺院及其屬民，在13世紀初，形成了一個與雅隆覺臥地方勢力關系密切的寺院集團。此后的四任堪布都屬雅隆覺臥家族，直到1377年。這個家族同薩迦派的關系也很密切，在13世紀后半葉薩迦和止貢噶舉的紛爭中，怯喀寺、基布寺系統就是和薩迦派聯合，一起反對止貢噶舉的。

夏爾哇巴的另一弟子董敦（1106—1166），在納塘講經傳教12年，1153年創建納塘寺，以此為中心，發展成為納塘寺系統。這一系統由傳授喀且班欽所傳律學而著名。13世紀晚期，納塘寺僧迥丹惹遲，將該寺所藏藏譯佛經編訂為《甘珠爾》、《丹珠爾》，當是編纂藏文大藏經之始。

噶當派的教授派以注重師長指點教授下的實修而得名。也分為兩個系統：一是京俄巴系統：一是內鄔素巴系統。

京俄巴20歲時在熱振寺從學于仲敦巴，得受某些秘密傳授的佛法。他著重提倡念咒、供佛和靜修，這也是教授派的顯著特點。

京俄巴的弟子甲域哇欽波（1075—1138），是甲域寺（在隆子縣境）的創建者。有徒2 千多，其中藏巴仁波且擔任洛寺（京俄巴建）和甲域寺的堪布，沖協仁波且創建崗崗寺，2人均傳承京俄巴的教法。

教授派的另一系大師內鄔素巴（1042—1118）是熱振寺第三任堪布袞巴哇的弟子。他在倡導修定的同時，也注重經典研習，且能替人看病。他有兩個著名弟子，其中皆貢欽波創建仁欽崗寺，絳曲格哉常住達堅寺，他們都以傳承內鄔素巴教授的修持和密法為主。

以上就是教授派的兩個系統（京俄巴、內鄔素巴）和四個傳承（甲域、崗崗、仁欽崗、達堅）。

噶當派的主要寺院是拉薩以南、聶當以東的桑浦寺，1073年由阿底峽的弟子俄·雷必喜饒創建，原名內鄔托寺。以提倡因明和辯論而著名。俄·雷必喜饒被稱為大俄譯師，幼年出家，后到康區向賽尊學佛法。1045年，他同枯敦·尊追雍仲等回到前藏，在拉薩附近建立扎納寺，講經傳教。當阿底峽來前藏時，他也追隨學法。他對仲敦巴十分敬重，曾多次去熱振寺求教。他翻譯和修訂過不少有關因明的著作。死后，其侄子俄·羅丹喜饒（1059—1109）繼任桑浦寺堪布。

俄·羅丹喜饒曾與兩譯師到阿里參加“火龍年法會”，后去克什米爾留學17年，約在1093年返藏。又到尼泊爾學密教。他翻譯了許多佛典和因明論著，西藏大藏經中有他譯出的經論40余部，人稱小俄譯師。他常在拉薩、桑耶一帶講經，特別講授他翻譯的因明著作《量莊嚴論》、《量決定論》、《量決定論疏》和“慈氏五論”中的《現觀莊嚴論》等。有弟子 2萬8千多，涌現出大批在佛學方面很有成就的人才。此后還出現了小俄譯師的活佛轉世系統，轉世寺院是昌都查雅的馬貢寺，但不知發端于何時。

小俄譯師的弟子中，以卓垅巴的成就最大。他為許多顯密經論作注疏，其中根據阿底峽的《菩提道燈論》寫成《教次第廣論》和《道次第廣論》，闡揚噶當派的教義，為后來宗喀巴撰寫《菩提道次第廣論》提供了藍本。

恰巴卻吉僧格（1109—1169）是桑浦寺第六任堪布，著有《量決定論廣注》、《量論攝義頌》及其自釋。他寫的《量論釋義》，被稱為西藏因明入門書之祖，提供了學習因明的獨特方法，促使因明學更加興盛。據說西藏佛教各派學經，普遍采用辯論的方式，就是從這時開始的。

在桑浦寺極盛時期，西藏佛教各派僧人常來這里學習，成為講授因明的重要據點。大小俄譯師所傳的因明被稱作“新因明”。此外，以《現觀莊嚴論》及其注疏為主的般若學、以《入中論》及其注疏為主的中觀學，也多由桑浦寺傳播發展開來。它在西藏佛教史上起過重要作用。

桑浦寺在恰巴卻吉僧格以后，分為上下兩院。在薩迦派掌握地方政權時，有幾個扎倉曾被薩迦派收管。15世紀格魯派興起后，該寺與噶當派其它寺院一起并入格魯派。

噶當派以修習顯宗為主，所習經典為《大乘經莊嚴論》、《菩薩地》、《集菩薩學論》、《入菩提行論》、《本生鬘論》和《集法句論》，稱為“噶當六論”；加上阿底峽的《菩提道燈論》，又稱“噶當七論”。此后還增加了“慈氏五論”和龍樹的“六如理聚”。它特別強調佛徒的修習次第，認為應該先學顯宗后學密宗，并且只有對少數有“根器”的人授以密宗。主張顯密二宗不應當相互攻訐，而應相互補充。

噶當派的密宗修習以《真實攝經》為指導，此經屬于密宗四部中仍以顯宗教義為基礎的瑜伽部，和薩迦、噶舉等派推崇無上瑜伽密有所不同，又與寧瑪派大量吸收苯教成分有很大差別。一般認為，噶當派的顯密教法被認為是比較“純凈”的。

噶當派比較正統，與漢地佛教一樣，既重“觀”，也重“行”。所謂“觀”，相當于哲學世界觀，“行”指修持實踐。阿底峽講“觀”的書有《入二諦論》和《中觀教授論》，講“行”的書有《攝行炬論》和《發菩提心論》，《菩提道燈論》則為噶當派全部教法提供了概括性的依據。

《菩提道燈論》把眾生分成三類：一類曰“下士”，他們不求解脫，只求今生“利樂”，屬“人天乘”；第二類為“中士”，這類人只求個人解脫，不想普度眾生，屬于“小乘”；第三類是“上士”，他們自求解脫，也救度眾生，屬于“大乘”。與此相應的修行次第也分下中上，合稱“三士道”。學者從學“三士道”，必須先求名師，依照師長指導，再去身體力行，否則難免誤入歧途。有了這個先決條件，就可以從“下士道”依次修起。

“下士道”要求學者認識有生即有死，按業報法則，輪回無已。為了避免死后墮入“三惡趣”，求得“人”、“天”福報，就要皈依“三寶”，努力做止惡行善的事。即所謂“下士勤方便，恒求自身樂”。

“中士道”要學者認識修待“下士道”，雖然能求得世間樂，但不能超脫流轉苦，為了從世間諸苦中徹底解脫出來，就要遵循師長指導，進一步修持佛教規定的戒、定、慧“三學”，達到涅槃境界。是謂“中士求滅苦，非樂苦依故”。

“上士道”要求學者發“大慈悲心”，決心自利利他，修“菩提行”，實踐布施等“六度”。這樣，既可度己成佛，又可度人永離諸苦，這才是大樂。故曰“上士恒勤求，自苦他安樂，及他苦永滅，以他為己故”。

“三士道”把“人天乘”列進佛教教法，意味著沸教已自覺地將社會的道德教化列為自己的職責范圍，這一思想不是始于阿底峽，而是8至9世紀間的唐宗密。但整個說來，“三士道”均屬顯宗的教法，地位遠不如密教為高。因此，《燈論》的最后部分就是論述密宗的修習，它劃密宗經典為作部、行部、瑜伽部和無上瑜伽部四部，強調了先顯后密的修習次第。《燈論》為噶當派確立了思想基礎，也確定了西藏佛教以實修為主的精神。

噶當派在11至12世紀的200年中得到很大發展，尤以僧徒眾多，寺院廣布而著稱。13世紀中葉，領兵進藏的蒙古將軍多達那布在給闊端汗的信中談到：“在邊地西藏，僧伽組織以噶當派最大”。他們與地方割據勢力結合在一起，曾形成相當規模的寺院集團，盡管并沒有實際掌握過世俗政權。

西藏佛教請教派普遍受到噶當教法的影響。噶舉派的初祖瑪爾巴曾從阿底峽聽聞教授。達波噶舉的達波拉杰先從賈云答學習噶當教法，后來又從米拉日巴學習大手印，他所傳的教法，是噶當教法與大手印合修的教授。此外，噶舉派的帕木竹巴、枳貢世間估、達城塘巴欽波、噶瑪知三世等，都學過噶當教法。薩迦派的四祖慶喜幢曾從內鄔素巴的弟子吉沃雷巴學習噶當教授，他的著作中所說的大乘共道的修法，即淵源于噶當派。

15世紀格魯派按噶當派的教義發展起來，原屬噶當派的寺院都變成了黃教寺院，噶當派不復存在，而黃教則被稱為新噶當派。

三、薩迦派

薩迦派由貢卻杰布創始于11世紀70年代。貢卻杰布（寶王，1034—1102），自稱是吐蕃貴族昆氏家族的后裔，亦名昆·貢卻杰布。

薩迦派的主要教法淵源于卓彌譯師，卓彌曾到印度學法多年，回藏后，修建牛古城寺，收徒傳法，著重闡揚“道果”教授。貢卻杰布以在家居士身份，用許多黃金向卓彌學法。他和他的家族原來都是寧瑪派信徒，修持舊派密咒法，從卓彌改學“道果”。1073年，他在后藏薩迦地方建造薩迦寺，遂成為此派創建的標志。

貢卻杰布在西藏佛教諸派中是第一個直接以世俗貴族身份成為教主的，他還決定法位的傳承只能限在本家族內部，從而使政教二權都集中在一個家族之手。

貢卻杰布死時，其子貢噶寧布（慶喜藏，1092—1158）方10歲，寺院暫由巴日仁波且代管。貢噶寧布努力學習佛教知識，成年后繼教主位，并建立了完整的“道果教授”，使之成為該派的核心教法，薩迦派勢力由此得到很大擴充，他被尊為“薩欽”（薩迦大師），列為“薩迦五祖”之首。

“薩迦二祖”是貢噶寧布的次子索南則摩（福頂，1142—1182），幼年從父學薩迦教法，后又向噶當派桑浦寺洽巴卻吉僧格學習中觀、因明及各種顯密教法。1172年，把法位傳給他的弟弟扎巴堅贊，自己去曲彌寺講經修證。扎巴堅贊（1147—1216），是“薩迦三祖”。幼年從月幢大師受梵行五戒，學習佛法，據說11歲時就能進行教義的答辯。到“薩迦四祖”貢噶堅贊（慶喜幢，1182—1251），薩迦派開始了突變性的發展。

貢噶堅贊是扎巴堅贊的侄子，自幼隨伯父學習祖傳薩迦顯密經典教法，并習因明等大小“五明”。年27，從喀且班欽釋迦室利受比丘戒。除薩迦教法外，他對噶當派、希解派的教法也很精通。著有《正理寶藏論》、《分別三律儀論》等。他寫的哲理性文學著作《薩迦格言》，在藏族文學史上有極高的聲譽。此外他還通曉梵文和祝夏語（祝夏即唐稱的勃律）。因為他很有學識，被尊為“班智達”，在他名字前常冠以“薩班”，意為薩迦班智達。據說曾有6名南印外道來藏，在基仲地方同薩迦辯論13天，最后失敗，皈信佛法，宗薩迦教法。因此有薩班“美聲令譽，遍于大地”之說。

薩班時期的薩迦派，以“教政合一”的形式，直接控制著當地政治、經濟和宗教、文化，成為衛藏地區最強大的實力集團。正值此時，蒙古族軍事力量開始西征。

據傳，1206年，成吉思汗率兵到達青海柴達木盆地，曾寫信給“三祖”扎巴堅贊，表示愿意皈依佛法，由此揭開了蒙藏關系的新篇章。13世紀40年代，蒙古統治者著手進軍西藏。

成吉思汗之孫太宗窩闊臺的二子闊端，領兵駐扎涼州。1240年，大將達爾汗臺吉多達那布領兵抵達藏北熱振寺一帶。他了解到西藏各地封建割據勢力同佛教諸派緊密結合的特點，認為與其單靠武力統治，不如選用勢力最強的教派協同治理。于是向闊端建議與薩迦派通好，扶植薩迦派的發展，被闊端采納，于是在1244年寫信給薩班，請他赴涼州晤面。1245年，薩班派他的兩個侄子——10歲的八思巴和6歲的恰那多吉先赴涼州，他和衛藏地區各種勢力交換意見后，于1246年到達，次年與闊端晤面，并為闊端治好了病，深得闊端信服。經雙方磋商，議定了西藏歸順蒙古的條件，由薩班給衛藏各僧俗地方勢力寫信，勸說他們一起歸順，這就是著名的《薩迦班強巴貝邀請，經亞東進藏，弘傳佛教戒律，由此形成了喀且班欽戒律傳承。智達致烏斯、藏、納里僧俗諸首領書》，信中詳述了歸順與否對于佛法和世俗權力的利害關系，以及西藏地方行政制度、派官設治、繳納貢賦、薩迦與其他官員僧俗共管西藏事務等意見，奠定了1279年以后元朝中央對西藏地方行使行政管理的基礎。薩迦派由此也取得了衛藏地區在政治和宗教上的領袖地位。

據傳，薩班在涼州也曾講經說法，被分別譯成蒙古、畏兀兒、漢語和當地藏語。他還用古畏兀兒文的字母字形，創制了蒙文字母。佛教和以佛教為載體的文化，由薩班開始向蒙古流傳，八思巴繼承并大大開拓了這一事業。

八思巴（1235—1280）意謂圣者、神童，是人們對他的尊稱，原名羅追堅贊（慧幢），是“薩迦五祖”。史書中說他“幼而穎悟，長博聞思，學富五明，淹貫三藏”。1252年，忽必烈南征大理，招降吐蕃，翌年，召見八思巴，留在身邊，并從受密教灌頂。1255年，奉命回藏受比丘戒，爾后回到忽必烈駐地（后之“上都”，今內蒙古正藍旗境），1258年，忽必烈奉蒙哥汗勅主持佛道二家優劣之辯，佛方17人由八思巴為首，道方自認失敗，道士落發，道觀改為僧寺。1260年，忽必烈即蒙古大汗位，封八思巴為國師，賜象征權力的“玉印”，由此開創了元朝歷代帝王任命帝師的作法。1264年，忽必烈遷都燕京，在中央設置總制院，掌管全國佛教事務和西藏地方行政事務，命八思巴國師兼領總制院事，協助中央對西藏的管理。具體規定，西藏行政事務由“本欽”總管，宗教事務由“國師”掌管；但國師對任命“本欽”有建議權。八思巴推薦釋迦桑波為第一任本欽，由元世祖任命，并賜“衛藏三路軍民萬戶”印，從此確立了西藏地方由中央掌管的制度和機構，也體現了中央政府對西藏直接管轄的完全主權。

至元六年（1269年），八思巴奉忽必烈之命創制“蒙古新字”成功。新字仿照藏文字母，共41個，可拼成千余音節。同年，詔令頒行，規定凡詔書及官方公文，一律改用新字，兼以各族通用文字。次年被加封為帝師。1276年，八思巴回到薩迦，請求朝廷免除西藏寺院一切捐稅負擔，驛使和官兵不得沿途住宿寺院。這些請求由朝廷批準，作為規定一直延續下來。1280年，八思巴去世，忽必烈賜號“皇天之下一人之上開教宣文輔治大圣至德普覺真智佑國如意大寶法王西天佛子大元帝師”。

在元朝中央的大力支持下，薩迦派的政治、經濟力量和社會影響空前加強，成為西藏居領導地位的教派。八思巴的家族和薩迦派教徒倍受朝廷重用，受封為帝師的有十余人，被封為王、司空、國公和各級官吏的更多。以八思巴叔侄為代表的薩迦派上層同元朝的關系，是統治階級內部上下級的隸屬關系，都是從各自的政治、經濟利益出發考慮的。但他們的活動在客觀上順應了各民族共同締造自己國家的歷史潮流，延續和發展了西藏自古以來同中央政權的隸屬關系，密切了漢藏蒙和新疆、青海諸民族間的聯系，推動了經濟文化交流，具有重大的歷史意義。內地的印刷術、造船、建筑等技術先后傳入西藏，西藏的佛像雕塑、造塔、工藝等技術也傳入內地。民間的往來日益頻繁起來。

自14世紀上半葉，元朝開始衰落，薩迦派失去了中央政權的強大支持，衛藏地區新的教派和封建集團崛起，加上內部紛爭，薩迦派逐漸式微，僅保持法王的稱號和官銜。1354年，帕木竹巴絳曲堅贊消滅了薩迦地方政權，取其轄地。

從此，薩迦派政治失勢，逐漸向純宗教領域復歸。

薩迦派教義以“道果法”為核心，認為只要斷除“煩惱”，獲得“一切智”，就是達到“涅槃”之“果”。按照這一基本思想修持，形成三個次第，即：“首應破非福，次則破我執，后除一切見，知此則為智”。

“首應破非福”。“非福”，指死后要得惡報的那類“壞事”，修法者首先要把“非福”拋掉，決心不做惡業，專行“好事”。由此求得來生“三善趣”（即人、天、阿修羅）的果報。

“次則破我執”。“我執”，指關于“我”和實體實有的觀念，這種觀念被認為是一切苦惱的根源，必須破除，才能超脫。因此，要求修行者證悟諸法“皆非實有”、“一切皆空”的道理，由“無我”之空慧徹底斷除“我執”，從而擺脫“輪回”之苦。

“后除一切見”。這里的“一切見”，既指非佛教的認識，也指佛教自稱的“正見”。那種認為宇宙萬物一切實有的見解，叫做“常見”，固然應該破除；但認為“一切皆空”，甚至心識、涅槃、因果報應、善惡等也是當真空無所有，叫做“斷見”，同樣應該破除。如果修行者除掉“斷、常”二見，就能獲得“一切智”，成為“智者”，即真正悟到佛法的人。

薩迦派的全盛期，在蒙古、漢地、康區、安多和衛藏各地都建有寺院。隨著它的衰落，在外地的寺院也相繼破敗。保存下來的唯有四川德格的貢欽寺為最著名。它本名倫珠頂寺，是第四十一代德格士司堅巴彭措時所建，他的長子任寺主，次子繼承土司，形成制度，政教大權世代由德格土司統一掌握，所以沒有活佛。1550年，該寺建成印經院，影響擴大。此外，艾旺卻丹寺于1429年建在納塘和夏魯之間的俄爾地方，故又名俄爾寺，是薩迦派在后藏傳播密宗的重要場所。多吉丹寺，1464年建在山南貢噶以東，也以傳播薩迦密法為主。在薩迦以西拉孜以南有名叫圖丹根培寺的，也屬薩迦派所有。

薩迦派亦稱花教，是因為它的一個支派俄爾派寺院把垣墻涂以紅、白、青三色而得名。

四、噶舉派

噶舉派，是一個注重口傳的教派。“噶”，在這里特指師長的言教；“舉”，意為傳承，合譯作“口傳”。此派尤重密法修煉，強調師徒口耳相傳，所以稱為“噶舉派”。此派遠祖瑪爾巴、米拉日巴等人修法財穿白色僧衣、僧裙，故又稱“白教”。

噶舉派形成于11世紀中葉。支系眾多，教法復雜，是它的特點之一。它原有兩個傳承：一是香巴噶舉，一是達波噶舉。它們的密法均來自印度，前者到14、15世紀即已泯滅無聞，后者一直傳流下來。通常所說的噶舉派就是指達波噶舉而言。此系的創始人達波拉杰，本名索南仁欽，其教法淵于瑪爾巴和米拉日巴。

瑪爾巴（1012—1097），本名卻吉羅追，出生于西藏山南洛扎縣的一個富有家庭。15歲時向卓彌澤師習梵文；成年后三次赴印，四次去尼泊爾，主要學修“時輪金剛法”、“歡喜金剛法”、“大手印”等密教教法。回藏后授徒傳法，獨成一系，后傳給弟子米拉日巴。

米拉日巴（1040—1123），出生于后藏貢塘（吉隆縣北），原屬瓊波家族的米拉氏家，以耕田、經商和行醫為業，家道富有。7歲喪父，家產被伯父霸占，據說，米拉日巴為了復仇，學會“黑巫術”（苯教巫術），咒殺了他的伯父一家15人，祭起冰雹打毀全村莊稼。后來為了滌除“惡業”，皈依佛教。

先學寧瑪派的“大圓滿法”，年38拜瑪爾巴為師，45歲開始收徒傳法。他用演唱道歌的方式傳教，通俗易懂，受人歡迎，所著《道歌集》，在藏族文學史上有一定地位。他有很多門徒，其中最著名的就是達波拉杰。

達波拉杰（意為達波地方的醫生），于1121年創建崗波寺，又稱崗巴波，后成為達波噶舉的祖寺。他原是噶當派門徒，32歲從米拉日巴改學噶舉派教法，受金剛亥母灌頂，遂以“大手印”為主，形成自己的體系。他的門下有四大弟子，在衛藏地區分別建寺收徒，形成四大支系，即噶瑪噶舉、蔡巴噶舉、拔戎噶舉、帕竹噶舉，其中帕竹噶舉又分出八個小系，總稱“四大八小”。

1.噶瑪噶舉

創始人都松欽巴（1110—1193），意為知三世，本名卻吉扎巴，出生于康區哲雪地方一個封建主家庭，年16出家，19歲到前藏學佛。先學噶當派教法，后拜達波拉杰為師，更學薩迦、寧瑪派教法，最后確定以“大手印”和“拙火定”作為本派主要教法。1147年，在昌都類烏齊附近建噶瑪丹薩寺，噶瑪噶舉由此得名。1187年，他又在拉薩西北堆城建粗卜寺，后成為該派主寺。

噶瑪噶舉在西藏佛教各派中率先采用活佛轉世相承制，先后建立過若干活佛轉世系統，其中影響較大的是黑帽系和紅帽系。

黑帽系的實際創始人是噶瑪拔希（1204—1283），本名卻吉喇嘛，或稱為“祝欽”，意為大成就者，傳說是僅次于蓮華生的有大“神通”者，出生在康區哲攏的哉波烏家族。初從學于都松欽巴的再傳弟子崩扎巴，后到粗卜寺出家，回歸康區即收徒傳法，門徒500多。1253年，忽必烈南征大理，路過康區，在召見八思巴隨同對，召請噶瑪拔希于川西北絨域色部會晤。噶瑪拔希不愿追隨忽必烈，便到靈州（寧夏靈武）和甘州（甘肅張掖）一帶傳教，并于寧夏、內蒙交界處建立吹囊朱必拉康寺。1256年，他應召在和林會見了蒙哥汗，蒙哥賜他金邊黑色僧帽一頂，金印一顆，由是得稱“黑帽派”。蒙哥死后，1260年忽必烈自稱大汗，與其弟阿里不哥展開了爭奪汗位的戰爭，次年，阿里不哥戰敗。噶瑪拔希因曾幫助阿里不哥而被忽必烈投入監獄，繼之流放至蓋烏曲地方，1264年獲釋。在返藏途中，依然講經傳教，歷時8年回到粗卜寺。

黑帽系奉部松欽巴為初祖，噶瑪拔希為二祖。第三世活佛攘瓊多吉（1284—1339），后藏貢塘人，先后學過噶瑪噶舉、寧瑪、希解等派密教，在桑浦寺學顯宗多種經論。后到康區類烏齊附近建噶瑪拉登寺，在前藏修建德欽登寺，并在薩迦、江孜一帶傳教。1332年受詔入京，為元寧宗和皇后行密教灌頂，1338年又應元順帝之召進京，后死于此。

四世活佛乳必多吉（1340—1383），生于工布地區一個農奴主家庭，主要活動于塔布、工布地區，受到帕木竹巴地方統治者和政權的建立者繹曲堅贊的信任。1358年應元順帝之召動身赴京，路經青海宗喀時，為剛滿三歲的宗喀巴授五戒。1360年至大都，給順帝父子授“金剛亥母”灌頂，講《那饒六法》，傳密教中專指男女雙身修法的“方便道”，為太子講一些顯密經論；還給在京的蒙、漢、畏、西夏、高麗等各族上層人物傳法。1364年啟程返藏，后回到粗卜寺，此時以黑帽系為代表的噶瑪派，在甘、青、康、藏已有很大勢力。元滅之后，明太祖派人召請藏族僧俗領袖進京，乳必多吉也在被請之列。1374年，他開始遣使去南京朝覲。

第五世活佛得銀協巴（1383—1415），本名卻貝桑布，《明史》稱哈立麻。7歲出家，18歲到昌都的館覺、類烏齊一帶傳教，20歲在工布地區的則拉崗受比丘戒。1406年應召，經西康到南京，明成祖在華蓋殿宴請。次年春，受命在靈谷寺為太祖帝后“薦福”，設普度大齋，成祖賜以“如來”名號，并封為“萬行具足十方最勝圓覺妙智慧善普應佑國演教如來大寶法王西天大善自在佛領天下釋教”，簡稱“大寶法王”。后，成祖又命他在五臺山為新故皇后“薦福”。1408年返藏。他的弟子數人先后被封為國師、大國師。

得銀協巴受封為大寶法王以后，這個封號就為黑帽系歷代活佛所承襲，并按期進京朝貢。明成祖時還設大乘法王、大慈法王，但仍以大寶法王的地位為最榮貴。明代之所以看重噶瑪噶舉派，主要因為他們與康藏地方勢力的聯系密切，影響較大，而噶瑪噶舉自身并沒有掌握地方政權。元朝封西藏十三萬戶，沒有一個萬戶是屬于他們的。《明史》稱他們為“游僧”，這大概反映了此派領袖人物周游各地傳教授徒，調解地方爭端，聯系地方勢力廣泛的特點。

15到16世紀的四代活佛（六一九世）與中央政權繼續保持聯系，同蒙古的統治集團也有書信往來，九世活佛旺秋多吉（1556—1603）還加強了同云南麗江納西族木土司的聯系。十世活佛卻英多吉（1604—1674）的一生，處于明清兩代武裝交替，蒙藏地方勢力互相糾葛，衛藏地區權勢斗爭劇烈的時代。他在少年期間，曾兩次派人向明萬歷帝朝貢，又兩次去蒙古地區傳教，同蒙族領袖建立聯系。后來又和控制西藏地方政權（1618—1642）的第悉藏巴建立關系，贊同第悉藏巴·彭措南杰稱“王”，由此得到蒙古喀爾喀部卻圖汗和察哈爾部林丹汗的支持，一時噶瑪噶舉處在有利形勢。但不久林丹汗病死，支持黃教的和碩特部固始汗由新疆進青海殺死卻圖汗，并于1642年發兵入藏，消滅了第悉藏巴，使黃教得勢，卻英多吉處于困境。后經四世班禪羅桑卻吉堅贊調解，噶瑪噶舉和黃教的關系有所緩和。

清順治十年（1653），順治帝派人邀請卻英多吉進京，他沒有應召，只派人上表朝貢。十七年，順治頒發印信，承認卻英多吉在前明所承襲的宗教領袖地位。但噶瑪噶舉的勢力已經衰落下去，此后一直受達賴喇嘛的監管。

噶瑪噶舉紅帽系，是因為它的創始者扎巴僧格（1283—1349）曾得元帝室封以灌頂國師并賜給一頂紅色僧帽而得名。

扎巴僧格原是黑帽系三世攘瓊多吉的弟子，先后學過噶舉派“拙火定”，噶當、覺囊派的時輪法等密法，也習顯教典籍。

于1333年建成乃囊寺，成為紅帽系的主寺。傳到第三世活佛卻欠意希（1406—1452），得到明帝賜給的封號和佛像、法器等。他曾為黑帽系五世之師，由此開始，黑、紅二系互為師徒成為慣例。

從元至正十四年（1354）到明宣德十年（1435），一直是帕竹地方政權統治著衛藏大部地區。此后，仁蚌巴從這個政權中分化出來，向西占據日喀則，到明成化十七年（1481），擊敗帕木竹巴，形成了兩大對立的地方勢力。明嘉靖四十四年（1565），仁蚌巴的家臣又奪取了仁蚌巴的權力，在漢文史料中稱作“藏巴汗”，到明萬歷四十六年（1618），控制了前后藏的絕大部分。明崇禎十五年，被固始汗所滅。西藏這個時期的教派關系，大部與這一歷史背景有關。

紅帽系第四世卻扎意希（1453—1524），又稱沙瑪爾卻扎巴，先后在蒙古地區和工布、前藏各地傳教，后來成了仁蚌巴家族的重要謀士，仁蚌巴則大力支持紅帽派的發展。1490年，卻扎意希在羊八井建羊八井寺，由仁蚌巴撥給該寺谿卡和農奴，紅帽系主寺隨之遷到此地。

第五、六世繼續同仁蚌巴和藏巴汗政權聯合，同黃教及其支持者帕竹政權相對抗。六世卻吉旺秋（1584—1635）與蒙古的軍事力量也有密切聯系，約1635年，他引進駐青海的喀爾喀部軍隊，自己反被殺害。由于清政府著重扶持黃教擴展，紅帽系日益衰退。到第十世活佛卻朱嘉措，兩次勾引廓爾喀（在尼泊爾）兵入藏，于乾隆五十六年（1791）失敗，畏罪自殺，清廷以叛國罪查抄了羊八井寺，勒令紅帽系僧人一律改宗黃教，禁止此系活佛轉世，紅帽系從此斷絕。

噶瑪噶舉派除黑帽紅帽兩系以外，還有德格八蚌寺的司徒活佛、乃囊寺的巴俄活佛、粗卜寺的賈曹活佛等轉世系統。他們在國外也很有勢力，尼泊爾、不丹、錫金、拉達克等地都有噶瑪噶舉的寺院。

2.蔡巴噶舉

創始人向蔡巴（1123—1194），本名達瑪扎，26歲出家，改名尊追扎，盡棄所學驅鬼避邪之巫術，先后受密咒教授、三摩地灌頂、制息術、拙火定等，年30，從貢巴楚臣寧波學達波拉杰密法“俱生和合法”，證得“真實義”。后得到吐蕃大論后裔、在拉薩附近的大封建主噶爾家族的支持，于1175年在蔡谿卡建蔡巴寺，得名蔡巴噶舉。1187年，又在蔡巴寺附近建貢塘寺，大部分費用靠勒索和搶劫獲得，向蔡巴在西藏佛教史上素以“愛械斗、善搶劫”著稱，被認為是“毫無私心，一心為佛教”的表現，與帕木竹巴的多吉杰波和黃教領袖宗喀巴一起，被尊為“藏地三寶”。向蔡巴的門徒眾多，分頭建寺，到他的侄孫意希瓊乃，兼并了吉麥（在拉薩河下游）地方的許多村寨，領有拉薩河兩岸，所轄有“四部八支”之稱。此后噶爾家族成了蔡巴寺和貢塘寺的寺主，直接控制了蔡巴噶舉系。1268年，元世祖封寺主桑結額珠為蔡巴萬戶長，兼有政教兩權。此后，桑結額珠之子赴京朝貢，元世祖又增加這一家族的封地，使蔡巴成了前藏地區勢力強大的三大萬戶之一。14世紀中葉，蔡巴萬戶在封建主的斗爭中，被帕木竹巴擊敗，封地被兼并，貢塘寺被焚毀，蔡巴寺變成了黃教的屬寺。

3.拔戎噶舉

創始人達瑪旺秋，約12世紀時人，屬達噶哇家族，是達波拉杰的弟子。他在后藏昂仁地區建拔戎寺，由此得拔戎噶舉之稱。以密教大手印法和顯教大印境界為主要教法，授徒傳教，自成一系，據說曾有一個叫熱巴的“帝師”出在他的門下。此系堪布由家族世襲，后因家族內部紛爭，致使它逐步衰敗無聞。

4.帕竹噶舉

創始人帕木竹巴，本名多吉杰波（1110—1170），簡稱帕竹，生于康區金沙江流域的哲垅乃學地方，屬韋哇那盤托家族。9歲出家，19歲時從一富人入藏游學，遍習噶當、薩迦、寧瑪等派教法。因他在顯宗方面學有成就，人稱“卻擦哇”（意為熱心佛教的人）。后投在達波拉杰門下，習“俱生和合法”、大印法門，并有所完善。1134年，從甲律師受比丘戒，學《戒律本論》。又從瑪爾·卻吉堅贊（洛窮弟子）、瓜譯師、薩欽（薩迦初祖貢噶寧布）等人習密法。返康后，在蔡崗地方收徒傳法。所著《噶古釀格》，闡述了他的教法。1158年，他到山南帕木竹地方建丹薩替寺，在此傳法至去世。

帕竹的門徒眾多，他們在康藏各地分別建寺授徒，形威八個分支，即：止貢巴仁欽貝（1143—1217）創立的止貢噶舉、達垅塘巴扎希貝（1142—1210）創立的達垅噶舉、林熱白馬多吉（1128—1188）創立的主巴噶舉、格丹意希僧格（？—1207）創立的雅桑噶舉、杰擦（1118—1195）和袞敦（1148—1217）兄弟創立的綽浦噶舉、結貢·楚臣僧格（1140—1204）創立的修賽噶舉、意希孜巴創立的葉巴噶舉、瑪倉·喜饒僧格創立的瑪倉噶舉。其中止貢巴、達城巴、主巴三個支系的經濟實力雄厚，與地方封建主結合密切，所以有較大發展，其它五個支系或被兼并，或自行消亡。

帕竹系以丹薩替寺為主寺，與其它分支同時并存。1208年，山南的封建主朗拉斯家族扎巴瓊乃奪取了丹薩替寺的寺主職位，帕竹噶舉由此被朗氏家族把持，其傳承僅限在這個家族之內。元至元五年（1268年），忽必烈封帕木竹巴為十三萬戶之一，萬戶長由寺主推薦，呈宣政院任命；后來則由寺主兼任，形成了比薩迦時期更加典型的政教合一體制。到14世紀，帕竹萬戶實力大增，扎巴瓊乃的侄孫大司徒絳曲堅贊（1302—1364）先后用武力消滅了薩迦派地方勢力，于1354年建立了帕竹地方政權，統治了衛藏的大部分。明永樂四年（1406），成祖封帕竹首領扎巴堅贊（1374—1432）為“闡化王”，朗氏家族在政治、經濟、宗教上的實力達到極盛。

極盛期的帕竹政權，完善了封建莊園制度，規定“宗”為基本行政單位，相當于縣，宗本由扎巴堅贊任命；對有功家臣所賜谿卡，承認為世襲領地。他還制定了一部統治農奴的法典《十六法》。

早在1351年，繹曲堅贊在澤當地方建成澤當寺，廣弘顯密經典，為西藏各個教派開放；專傳帕竹密法的，則是丹薩替寺。帕竹地方政權的統治者，必須從任過澤當寺的寺主中 選拔，以保證宗教領袖對世俗政治的控制權。

帕竹政權在西藏統治了近百年，農奴制經濟得到顯著發展。1481年被它的屬部仁蚌巴以武力擊敗，帕竹噶舉隨之衰落，到17世紀初完全失勢。

此外，噶舉派的另一傳承“香巴噶舉”，由瓊波南交巴（意為瓊波家族的瑜伽行者）創建，幼年學苯教教法，后學寧瑪派大圓滿法，曾多次赴印度、尼泊爾學梵文和密宗教法，晚年從名僧噶當派朗日塘巴受比丘戒。因該派寺廟多集中在香地（南木林縣），故稱香巴噶舉。瓊波南交后輩又建立甲寺和桑定寺，形成香巴噶舉的兩個支系。桑定寺在浪卡子縣羊卓雍湖畔，寺內全為男喇嘛，唯有主持是女活佛，名多吉帕姆，是西藏佛教的唯一女活佛，地位很高。14、15世紀時，宗喀巴和克主杰師徒先后向香巴噶舉僧人學法。

噶舉派雖然派系復雜，但教義卻大同小異，都屬瑪爾巴、米拉日巴的傳承，以應成中觀論為理論基礎。它最主要的教法是所謂“大手印法”，顯密兼修。它要求從“拙火定”開端，調整呼吸，使行者身不畏寒冷，不懼饑渴。由此逐步做到心住一境，不起分別，無善無惡，這就是“禪定”；然后再集中觀察安住于一“境”之“心”，如果身內身外遍找不著，那就“證悟”到心非“實有”，達到了所謂“空智解脫合一”的境界，這就是“佛”。此派的顯教大印重于修心，利用呼吸控制意識活動；密教大印則重修身，其最高修法是無上瑜伽密的“雙身修法”。

五、其它教派

藏傳佛教除五大教派（黃教后敘）外，還有一些較小的教派，也有一定影響。

1.希解派

“希解”意為“能寂”，即依靠對般若性空的認識和一系列相應的苦修，息滅苦惱根源，超脫生死流轉。創始人印僧當巴桑結（？—1117），生于南印，先后在超巖寺、金剛座、祇多林等處，從50余名高僧學顯密教法。他以《現觀莊嚴論》闡述的般若學為理論基礎，密教以大印法門為主，但不拘一格。先后來藏五次，在前后藏傳法，弟子不計其數。他重視若行修持，弟子們都在荒山野林墳墓葬場等人跡罕至的地方長期苦修，不立寺廟，沒有僧伽組織，遠離社會鬧市生活，更不參與政治活動。當巴桑結曾在后藏定日建過一座寺廟，并未形成他的教法中心。據說他在晚年朝拜過山西五臺山。

希解派教法的傳承有前、中、后三代，相當于當巴桑結在三個時期傳授的三種不同教法，時間集中在12—13世紀。到14世紀，傳承不明，它的一些修行方法，則為其它教派所吸收。

2.覺域派

“覺”意為“斷”，指能斷除人生苦惱、生死根源；“域”，指佛教說的“境”，即認識對象。此派認為，作為流轉生死根源的煩惱，產生于人們對世界的誤解和由此引起的愛憎；如果用佛教的智慧和慈悲，斷除這一根源，就能達到涅槃境界，此種教法曰“覺域”。也有人把“覺”解之為“行”，即人的認識和思維活動。意思是說，“般若空性見”和“慈悲心”，有把錯誤認識轉化為正確認識的功能，以此達到解脫。

覺域派也源于當巴桑結。他第三次進藏時，把覺域派教法傳給交·釋迦意希和雅隆·瑪熱色波。交·釋迦意希傳其侄交·索南喇嘛，再傳女弟子勞準瑪，從此門徒皆為女性，這一傳承被稱為“摩覺”（女傳覺域法）；雅隆·瑪熱色波所傳一系皆是男性，被稱為“頗覺”（男傳覺域法）。這兩個傳承都以傳授顯教的般若教義為主，也有密教的內容；徒眾們經常深夜到荒山野林中苦修，與希解派相似，所以命運也同希解派一樣，到15世紀以后，逐漸失傳。

3.覺囊派

淵源于域摩·彌覺多吉，生卒不詳。據傳他原是在家瑜伽行者，出家后改名臺巴杰波，曾跟多人學時輪金剛和集密等密法，立“他空”義，著書加以申述。五傳弟子突結尊追（1243—1313）建覺摩囊寺（在日喀則西拉孜縣東北），因此得名。再傳弟子凱尊云丹嘉措（1206—1327），專學時輪金剛，曾到過北京。由于他的弟子篤補巴（1290—1361）的努力，覺囊派才開始興盛起來。

篤補巴原名喜饒堅贊，生于篤補的班倉家族，幼年隨吉頓絳央巴叔侄學《現觀莊嚴論》、《入中論》、《俱舍論》、《量決定論》等顯教四論，兼習金剛鬘等密法，特別是熟諳熱澤師傳的時輪金剛法。此后，曾到薩迦寺講授顯宗四大論及噶當派常習的《入菩提行論》，受到薩迦派上層宗派主義的排斥，便離開薩迦寺，到前后藏各大寺廟云游。1321年到覺囊寺，從凱尊云丹嘉措習《時輪金剛無垢光疏》及其教授，1324年繼任寺主。撰有《了義海》、《第四結集》等闡發覺囊派關于“他空義”的教義，此外尚有《究竟一乘寶性論注》、《現觀莊嚴論注》、《佛教總釋》、關于《時輪金剛無垢光疏》的注釋和攝義等密教和歷算方面的著作。他建造的大佛塔哀本通卓欽摩相當著名。

篤補巴的弟子據說有2000余，其中喬列南杰（廣勝，1306—1386），又稱博東巴，系阿里人，自幼到前藏學法， 曾在卻廓林寺習般若、因明等顯教經論，后歷游前后藏辯場，成為有名學者。后遇篤補巴，認為本師，從學時輪金剛的講解、灌項及其秘密教授，頗有成就。篤補巴的另一弟子絳巴代完巴，“代完”二字是元賜“大元國師”封號的一部分，相當于“大元”；“絳”指拉堆絳，可能是拉維絳萬戶長家的成員。他在絳地建昂仁寺，后由喬列南杰任寺座主，并教授般若、因明等顯教經論，徒眾亦多。1354年喬列南杰將座主傳給丹必堅贊，自己任覺囊寺座主，1359年再次退位，到前藏蔡巴寺和雅隆昌珠寺傳法。此后，黨囊派逐漸消沉，直到16、17世紀出現了多羅那它（1575—1634）。

約在16世紀晚期，覺囊派開始實行活佛轉世制度，多羅那它就是轉世承襲的活佛。多羅那它原名貢噶寧波，衛藏交界處的喀熱瓊尊人，相傳是嘉譯師的后裔。幼年在覺囊寺學經，后游學衛藏，廣習顯密教法，年30受比丘戒。1608年寫成《印度佛教史》，材料來源于西路進藏印度人的口述，著重記述印度佛教晚期的歷史，史料價值很高，現有漢文、外文譯本多種，在印度有相當影響。此外還有若干闡揚本宗教義的著述。

覺囊派世受拉堆絳地方（后藏昂仁）首領的支持，16世紀晚期，拉堆絳地方勢力衰落，覺囊派又得到第悉藏巴汗的支持。17世紀早期，藏巴汗的勢力正盛，1612年，丹迥旺波之父彭措南杰武力統一后藏，1618年又控制前藏，使覺囊派出現了再度興旺的局面。1614年，多羅那它在覺囊寺附近建達丹彭措林寺，勢力明顯擴大。

藏巴汗強大的聲勢，進一步強化了與漠北蒙古的聯系。盡管外蒙已早有薩迦派寺院和傳經喇嘛，喀爾喀部汗王依然派使赴藏邀請喇嘛前往傳教。明萬歷四十三年（1615）左右，藏巴汗同意派遣多羅那它去蒙古。行前，據說四世達賴贈給他“邁達理”（意為慈氏）的稱號，因此蒙古人稱他為“邁達理活佛”。到達漠北后，常駐庫倫傳法，前后約20年，建了不少寺廟，深得蒙古汗王的信奉，被尊稱“哲布尊丹巴”，意為“尊勝”；蒙語稱作“謁都爾格根”，意為“高位光明者”。1635年，即多羅那它死后第二年，蒙古土謝圖汗適得一子，即以此子為多羅那它的轉世，從此建立了外蒙古佛教哲布尊丹巴活沸的轉世系統。1649年，第一世哲布尊丹巴進藏學經。此時，清廷正大力支持黃教發展，五世達賴已接受順治封號，勢力大盛。所以當一世哲布尊丹巴學畢將回蒙古時，五世達賴要求他必須改信黃教，否則不承認他的活佛地位，不允許他回蒙古。這個條件被接受了，由此開始，漠北蒙古的佛教首領均信奉黃教。

達賴喇嘛對于覺囊派給予多方壓迫，達丹彭措林寺改名甘丹彭措林寺，歸信黃教，其它屬寺也改為黃教寺廟，唯有川青交界處的一些小廟殘留下來，但作為一個教派已不復存在。

覺囊派的教理是“他空義”，是藏傳佛教中的一種獨特見解。這種教理認為，任何事物都有它的真實體性，即至高無上、永恒不變的真諦；一般人不能把握真諦，反而在事物自性之上給以“虛妄分別”的認識，從而使對象變成了虛假的東西，般若所謂的“性空”，就是指這“虛妄分別“而言，而不是指事物的本體。事物的“本真”叫做“自”，加在事物身上的“虛妄分別”稱作“他”。因此，般若“性空”的含義只是“他空”，而不是“自空”。這種見解其實是說一切有部思想的延伸，但與中觀學派的觀點大相徑庭，所以特別受到黃教的反對，甚至斥之為異端邪說。

4.郭扎派

由郭扎巴·索南堅贊（1182—1261）創始，他曾向進藏的班欽·釋迦師利跋陀羅學法，后又普習各教派的顯密教法，年29受比丘戒，后去罔底斯山修法5年，在江孜年楚河上游建郭扎寺。又向尼泊爾請來毗普底旃陀羅，在定日相互學習。郭扎巴曾著名一時，門徒甚眾，但其學說沒有得到流傳。

5.夏魯派

又稱布頓派，由西藏著名佛學家布頓·仁欽朱（1290—1364）所創。

布頓（《元史》譯作卜思端）早年曾學綽浦噶舉、噶當、薩迦等派教法。成名后受到日喀則東南夏魯地方封建領主的支持，任夏魯寺座主。由于夏魯寺同薩迦派的關系密切，也有人將它當作薩迦的一個支系。布頓有不少弟子，有的曾當過宗喀巴的老師。元順帝曾邀他進京，但終未成行。他在兩藏佛教學術史上有很高的地位，但政治上無勢。

布頓的佛學知識博大精深，有不少佛學和歷史著作，全集26函（德格版），約200余種。對西藏所傳密教典籍重新整理，對顯宗的某些經論作了注釋。影響最大的是他寫于1322年的《善逝教法源流》，也譯作《布頓佛教史》或《佛教史大寶藏論》，有英譯本。該書陳述了佛教在印度和尼泊爾傳播的歷史，特別是在藏族地區的發展，包括“前弘期”及“后弘期”初期的歷史，還編有《甘珠爾》、《丹珠爾》的總目錄，是研究西藏佛教的重要史籍。布頓還主持過那塘大藏結集的編纂工作，是藏文大藏經“丹珠爾”部目錄的編纂人，后來諸種版本的《丹珠爾》，基本上都是依據他所編定的次序刻印 的。